公司违规减资后主动恢复注册资本的，市场监管部门仍可能予以处罚，但主动恢复行为可作为从轻或减轻处罚的考量因素。具体分析如下：

1. 违规减资的法律性质与处罚依据
   根据《公司法》第二百零四条，公司违反法定程序减资（如未通知债权人、未编制资产负债表及财产清单等）的，市场监管部门可责令改正，并对公司处以一万元以上十万元以下罚款；对直接负责的主管人员和其他责任人员处以三万元以上三十万元以下罚款。
   处罚的核心在于“程序违法性”，而非减资结果是否导致公司偿债能力下降。因此，即使公司事后恢复注册资本，仍需对之前的违法行为承担责任。

2. 主动恢复注册资本的法律意义
   主动恢复注册资本可视为公司积极消除违法行为危害后果的行为。根据《行政处罚法》第三十二条，当事人有下列情形之一的，应当依法从轻或者减轻行政处罚：

   • 主动消除或者减轻违法行为危害后果的；
     
   • 配合行政机关查处违法行为有立功表现的。
     市场监管部门在裁量时，可能将主动恢复行为作为从轻或减轻处罚的依据，但不意味着完全免除处罚。

3. 实务中的处罚可能性

   • 若违规减资未造成实际损害（如债权人未因减资受损）：
     市场监管部门可能以“教育为主、处罚为辅”原则，仅责令改正而不予罚款，或按最低限额处罚。
     
   • 若违规减资已造成损害（如债权人因减资无法受偿）：
     即使公司恢复注册资本，市场监管部门仍可能依法处罚，但可能酌情减轻罚款幅度。
     
   • 若公司存在主观恶意（如故意隐瞒减资信息）：
     主动恢复行为可能被认定为“事后补救”，不足以完全免除处罚。

4. 建议措施

   • 立即整改：公司应第一时间补办减资的法定程序（如通知债权人、公告等），并恢复注册资本至原状态。
     
   • 主动报告：向市场监管部门提交书面说明，承认违法行为并说明整改情况，争取从轻处理。
     
   • 配合调查：若市场监管部门立案调查，应积极配合提供证据，避免被认定为“拒不改正”。

总结：违规减资后主动恢复注册资本不能完全免除行政处罚，但可作为从轻或减轻处罚的情节。公司需以“整改+配合”的态度降低法律风险，具体处罚结果需结合违规情节、危害后果及整改情况综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案例的处理方案。