医疗机构在使用约束隔离措施时，必须严格遵循《中华人民共和国精神卫生法》的相关规定，以确保患者的合法权益得到保护，同时维护医疗秩序。以下是医疗机构在使用约束隔离时应遵循的主要规定：

一、实施条件

1. 患者行为：精神障碍患者在医疗机构内发生或者将要发生伤害自身、危害他人安全、扰乱医疗秩序的行为。
2. 无替代措施：医疗机构及其医务人员在没有其他可替代措施的情况下，方可考虑实施约束、隔离等保护性医疗措施。

二、实施原则

1. 遵循诊断标准和治疗规范：实施保护性医疗措施必须严格遵循医学上的诊断标准和治疗规范，确保措施的科学性和合理性。
2. 禁止惩罚性使用：禁止利用约束、隔离等保护性医疗措施惩罚精神障碍患者，这是保护患者权益的重要原则。

三、实施程序

1. 实施后告知：在实施约束、隔离等保护性医疗措施后，医疗机构应及时告知患者的监护人，确保监护人了解患者的状况和所采取的措施。
2. 记录与审查：医疗机构应对实施约束、隔离等保护性医疗措施的情况进行详细记录，并定期进行审查，以确保措施的持续必要性和合理性。

四、法律责任

1. 违规处罚：如果医疗机构及其工作人员违反规定实施约束、隔离等保护性医疗措施，将面临县级以上人民政府卫生行政部门的责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予或者责令给予降低岗位等级或者撤职的处分。
2. 医务人员处罚：对有关医务人员，可能会暂停六个月以上一年以下执业活动；情节严重的，给予或者责令给予开除的处分，并吊销有关医务人员的执业证书。

五、其他注意事项

1. 患者权益保护：医疗机构在实施约束、隔离等保护性医疗措施时，应充分尊重和保护患者的合法权益，包括通讯权、会见探访者等权利。
2. 持续评估与调整：医疗机构应定期对患者的状况进行评估，并根据评估结果及时调整约束、隔离等保护性医疗措施，以确保措施的有效性和合理性。

概括起来，医疗机构在使用约束隔离措施时，必须严格遵守相关法律法规和医学伦理原则，确保患者的合法权益得到保护，同时维护医疗秩序和患者的安全。