针对租赁合同纠纷金额不足五千元的处理方式，结合法律实务经验，我为您梳理以下核心结论及具体操作建议：

1. 优先协商解决
   根据《民法典》第五百三十三条，双方可基于公平原则重新协商租金、维修责任等条款。建议采取书面形式固定协商成果（如补充协议），避免口头约定引发后续争议。例如：若因房屋漏水产生纠纷，可协商减免部分租金并明确维修义务归属。

2. 申请人民调解
   可向房屋所在地居委会/村委会或司法所申请免费调解。调解协议经司法确认后具有强制执行力（《人民调解法》第三十三条），适合希望低成本快速解决纠纷的当事人。需注意：调解员无权强制一方接受方案，最终仍需双方自愿达成一致。

3. 小额诉讼程序（推荐）
   根据《民事诉讼法》第一百六十五条，标的额为各省上年度就业人员年平均工资50%以下的案件适用小额诉讼程序（以2023年为例，多数省份5000元纠纷符合条件）。该程序特点：

   • 一审终审，3个月内审结
     
   • 庭审程序简化（可不进行法庭辩论）
     
   • 诉讼费仅需50元（减半收取后25元）
     需准备证据：租赁合同、付款记录、沟通记录、损失证明等。

4. 支付令申请
   若对方承认欠款但拒不支付，可向法院申请支付令（《民事诉讼法》第二百二十一条）。需满足：

   • 债权债务关系明确
     
   • 支付令能够送达债务人
     费用：申请费100元，若15日内未提出异议则产生强制执行力。

实务建议：

• 证据固定是关键：保留所有书面沟通记录（微信、短信等），对房屋现状拍照/录像，收集证人证言
  
• 诉讼时效：注意3年诉讼时效期间，自知道权利受损之日起计算
  
• 执行风险：即使胜诉，若对方无财产可供执行可能面临执行难，建议申请财产保全

若需要具体操作指导（如起诉状撰写、证据清单整理），可进一步向我说明纠纷细节，我将为您提供针对性方案。