结论前置：在自家承包地里的果实被村里修路偷偷挖了并报案后，损失的鉴定通常由公安机关委托的具有资质的鉴定机构进行。以下是详细的分析和说明：

一、损失鉴定的主体

1. 公安机关的角色：

   • 在您报案后，公安机关会介入调查，并根据案件情况决定是否需要委托鉴定机构对损失进行鉴定。
   • 公安机关是负责维护社会治安和打击犯罪的机关，他们有权委托专业的鉴定机构进行损失鉴定，以确保鉴定的公正性和准确性。

2. 鉴定机构的选择：

   • 鉴定机构应具备相应的资质和专业的鉴定人员，能够准确评估损失的价值。
   • 公安机关通常会选择与案件性质、损失类型相匹配的鉴定机构，以确保鉴定结果的权威性和可信度。

二、损失鉴定的流程

1. 报案与受理：

   • 您需要向当地公安机关报案，说明自家承包地里的果实被挖的情况，并提供相关证据（如现场照片、视频等）。
   • 公安机关在受理案件后，会进行初步调查，并根据调查情况决定是否需要委托鉴定。

2. 委托鉴定：

   • 如果公安机关认为需要鉴定损失，他们会向具有资质的鉴定机构出具委托书，明确鉴定的要求和目的。
   • 鉴定机构在接受委托后，会安排专业的鉴定人员前往现场进行勘查和评估。

3. 鉴定与报告：

   • 鉴定人员会根据现场勘查情况、市场价格等因素，对损失的价值进行评估，并出具鉴定报告。
   • 鉴定报告应详细说明鉴定的过程、方法、结果以及依据，确保鉴定的透明度和公正性。

4. 结果反馈与处理：

   • 公安机关会将鉴定报告反馈给您，并根据鉴定结果和案件情况决定是否进一步追究相关责任人的法律责任。
   • 如果鉴定结果显示损失较大，且构成犯罪，公安机关可能会将案件移送检察机关审查起诉。

三、您的权利与义务

1. 权利：

   • 您有权要求公安机关委托鉴定机构对损失进行鉴定，以维护自己的合法权益。
   • 您有权了解鉴定的过程和结果，并对鉴定报告提出异议或申请重新鉴定（如果符合法定条件）。

2. 义务：

   • 您需要积极配合公安机关的调查工作，提供必要的证据和信息。
   • 您需要尊重鉴定机构的鉴定结果，不得干扰或阻碍鉴定的正常进行。

四、后续建议

1. 保留证据：

   • 在报案前，您应尽可能保留现场照片、视频等证据，以便在鉴定过程中提供有力的支持。

2. 关注鉴定进展：

   • 您可以向公安机关了解鉴定的进展情况，确保鉴定能够及时、准确地进行。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果您在鉴定过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。

总结：在自家承包地里的果实被村里修路偷偷挖了并报案后，损失的鉴定通常由公安机关委托的具有资质的鉴定机构进行。您需要积极配合公安机关的调查工作，并保留好相关证据。如果您在鉴定过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。