结论：市场监管部门对使用加厚塑料袋不去皮、涉嫌侵犯消费者合法权益的三家商户进行立案调查是合法的。以下结合新闻背景，从多个维度进行详细分析：

一、法律定性

根据新闻背景，商户在交易时强制消费者使用加厚塑料袋装货，且称重全程不去除袋重，这种行为涉嫌短斤缺两、隐形宰客，侵犯了消费者的合法权益。从法律角度来看，这种行为可能构成欺诈或违反消费者权益保护的相关规定。

二、涉及的法律条文

1. 《中华人民共和国消费者权益保护法》：

   • 第十条：消费者享有公平交易的权利。消费者在购买商品或者接受服务时，有权获得质量保障、价格合理、计量正确等公平交易条件，有权拒绝经营者的强制交易行为。
   • 第五十五条：经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或者接受服务的费用的三倍；增加赔偿的金额不足五百元的，为五百元。法律另有规定的，依照其规定。

2. 《中华人民共和国计量法》：

   • 第十七条：使用计量器具不得破坏其准确度，损害国家和消费者的利益。

商户使用加厚塑料袋不去皮称重的行为，显然破坏了计量的准确度，损害了消费者的利益，违反了上述法律条文的规定。

三、市场监管部门的立案调查合法性

市场监管部门作为负责市场监管和行政执法的机构，有权对涉嫌违反法律法规的经营者进行立案调查。在本案中，市场监管部门根据市民的反映和记者的实地走访，发现三家商户存在使用加厚塑料袋不去皮称重的行为，涉嫌侵犯消费者的合法权益。因此，市场监管部门依法对这三家商户进行立案调查是合法的，也是其职责所在。

四、可能的法律后果

如果市场监管部门的调查证实商户确实存在违法行为，那么商户可能会面临以下法律后果：

1. 行政处罚：市场监管部门可以根据相关法律法规对商户进行罚款、没收违法所得、责令停业整顿等行政处罚。
2. 民事赔偿：消费者有权要求商户进行民事赔偿，包括退还多收的款项、赔偿因欺诈行为造成的损失等。
3. 刑事责任：如果商户的违法行为构成犯罪，如诈骗罪等，还可能面临刑事责任的追究。

五、对公众的启示

1. 增强消费者权益保护意识：消费者在购买商品或接受服务时，应关注计量的准确性，避免被不法商家欺诈。
2. 积极维权：如果消费者发现商家存在违法行为，应及时向市场监管部门举报，维护自己的合法权益。
3. 支持市场监管部门的执法工作：市场监管部门是维护市场秩序和消费者权益的重要力量，公众应支持其执法工作，共同营造公平、公正的市场环境。

综上所述，市场监管部门对使用加厚塑料袋不去皮、涉嫌侵犯消费者合法权益的三家商户进行立案调查是合法的，也是必要的。这有助于维护市场秩序和消费者权益，促进市场的健康发展。如果您在消费过程中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。