故意破坏农田水井的行为，属于违法行为，应当依法承担相应的法律责任。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律责任角度
民事责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，故意破坏农田水井，造成他人财产损失的，应当承担赔偿责任。这包括修复水井的费用、因水井损坏导致的农田灌溉损失等。
- 如果破坏行为导致农田无法正常耕种，还可能涉及对农田收益损失的赔偿。
行政责任：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，故意损毁公私财物的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款。
- 如果破坏行为涉及农田水利设施，且情节严重，还可能受到农业行政主管部门的行政处罚，如罚款、责令恢复原状等。
刑事责任：
- 如果故意破坏农田水井的行为构成犯罪，如破坏生产经营罪或故意毁坏财物罪，将依法追究刑事责任。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，破坏生产经营罪可处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。故意毁坏财物罪，数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑。
二、处理流程角度
报警与调查：
- 发现农田水井被故意破坏后，应立即向当地公安机关报案。
- 公安机关将展开调查，收集证据，确定破坏行为的性质和责任人。
评估损失与赔偿：
- 在调查过程中，可以委托专业机构对农田水井的损坏程度进行评估，确定修复费用和农田损失。
- 根据评估结果，与破坏者协商赔偿事宜。如果协商不成，可以通过法律途径解决。
法律追究：
- 如果破坏行为构成犯罪，公安机关将依法将案件移送检察机关审查起诉。
- 检察机关将根据案件事实和法律规定，决定是否提起公诉。
- 法院将依法审理案件，并作出判决。
三、预防与应对建议
加强农田水利设施的保护：
- 农田水利设施是农业生产的重要基础，应加强对其的保护和管理。
- 可以设置警示标志、安装监控设备等措施，提高农田水利设施的安全性。
提高法律意识：
- 农民应增强法律意识，了解故意破坏农田水利设施的法律后果。
- 遇到类似情况时，应及时向相关部门报告，并保留好相关证据。
加强社区合作：
- 社区可以组织农民成立巡逻队或志愿者队伍，共同维护农田水利设施的安全。
- 通过社区合作，可以及时发现和制止破坏行为，减少损失。
总结来说，故意破坏农田水井的行为是违法的，应当依法承担民事责任、行政责任甚至刑事责任。在处理此类问题时，应报警并配合调查，评估损失并协商赔偿，必要时通过法律途径解决。同时，也应加强农田水利设施的保护和提高法律意识，以预防类似事件的发生。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。