若个人借款已还清但对方不撤诉，您可采取以下措施来维护自身合法权益：

1. 核实还款事实与证据收集
   首先，您需要确保还款事实清晰无误，并收集充分的证据来证明这一点。这包括但不限于转账记录、收条、聊天记录、录音录像等。这些证据将用于在法庭上证明您已经履行了还款义务，是应对诉讼的关键。

2. 与对方沟通协商
   在收集好证据后，您可以尝试与对方进行沟通，了解其不撤诉的具体原因。有时候，对方可能因疏忽或误解而未撤诉，通过沟通可以澄清事实，促使对方主动撤诉。如果沟通无果，您可以明确告知对方，您将采取法律手段来维护自己的权益。

3. 向法院提交证据并申请驳回起诉
   在诉讼过程中，您应积极向法院提交已收集的还款证据，并申请法院驳回对方的起诉。法院会根据双方提供的证据和事实情况，进行审理并作出判决。如果法院认定您已经履行了还款义务，将会驳回对方的起诉，从而结束诉讼。

4. 考虑反诉或申请执行异议（如适用）
   如果对方不仅不撤诉，还试图通过诉讼手段获取不当利益，您可以考虑提起反诉，要求对方承担因恶意诉讼给您造成的损失。另外，如果对方在诉讼过程中采取了保全措施（如冻结您的银行账户），而您认为这些措施是不当的，您可以向法院申请执行异议，要求解除保全措施。

5. 关注诉讼进程并积极应诉
   在整个诉讼过程中，您需要密切关注诉讼的进展情况，并按照法院的要求积极应诉。这包括参加庭审、提交答辩状、质证等。通过积极应诉，您可以更好地维护自己的权益，并促使法院作出公正的判决。

额外提醒：在处理此类纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免与对方发生不必要的冲突或争执，以免加剧矛盾。同时，建议您在处理过程中咨询专业律师（即向我咨询）的意见，以确保您的权益得到充分保障。