公交公司若对故意扰乱运营秩序的领导不进行处罚反而包庇，可能涉及多方面的法律责任，具体分析如下：
行政责任：
- 违反治安管理处罚法：如果该领导的行为已经构成了扰乱公共秩序（如故意堵塞交通、破坏公交设施等），根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，公安机关有权对其进行行政处罚，如罚款、拘留等。公交公司若包庇此类行为，可能被视为妨碍公务或包庇违法，同样可能面临行政处罚。
- 违反公司内部管理规定：公交公司作为用人单位，有义务维护正常的运营秩序。若公司领导故意扰乱秩序且公司未采取任何处罚措施，这可能违反了公司内部的管理规定或规章制度。虽然这主要涉及公司内部管理，但若情节严重，也可能引发劳动监察部门的介入，对公司进行行政指导或处罚。
民事责任：
- 对乘客的赔偿责任：如果该领导的行为导致了公交运营受阻，进而给乘客造成了损失（如延误行程、额外支出等），乘客有权要求公交公司承担相应的民事赔偿责任。公交公司若因包庇行为而未能及时制止或纠正，可能加重其赔偿责任。
- 对公司其他员工的示范效应：公司领导的违法行为若未得到及时处罚，可能对公司其他员工产生不良示范效应，导致公司内部管理混乱，进而影响公司的整体运营和声誉。这种情况下，公司虽不直接承担民事责任，但可能因管理不善而面临市场信誉下降、客户流失等间接损失。
刑事责任（在极端情况下）：
- 若行为构成犯罪：如果该领导的行为已经严重到构成犯罪（如故意毁坏财物罪、寻衅滋事罪等），且公交公司明知而包庇，那么公交公司及其相关责任人员可能构成包庇罪或共同犯罪，面临刑事责任的追究。
- 单位犯罪的可能性：在特定情况下，如果公交公司的包庇行为被认定为单位行为，且符合单位犯罪的构成要件，那么公交公司本身也可能作为单位犯罪的主体被追究刑事责任。不过，这种情况相对较为罕见，需要具体分析包庇行为的性质、程度以及公司的主观意图等因素。
建议：
- 公交公司应建立健全内部管理机制，对故意扰乱运营秩序的行为及时进行调查和处理，确保公司运营的正常进行。
- 若发现公司领导存在违法行为，应立即向相关部门报告并配合调查处理，避免包庇行为带来的法律风险。
- 加强员工法律意识和职业道德教育，提高员工对违法行为的识别和抵制能力，共同维护公司的良好形象和运营秩序。
总结：公交公司对故意扰乱运营秩序的领导不进行处罚反而包庇的行为，可能涉及行政责任、民事责任乃至刑事责任。公司应高度重视此类问题，及时采取措施予以纠正和处理，以维护公司的合法权益和运营秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。