初中生在学校打人是否会留案底，需根据具体情况判断，主要分为不会留案底和可能会留案底两种情况：
一、不会留案底的情况
未达到刑事责任年龄：
- 根据我国法律规定，不满14周岁的人实施任何危害社会的行为，均不负刑事责任。因此，大部分初中生如果参与打架但未达到这一年龄界限，即使其行为触犯了刑法相关规定，也不会被认定为犯罪，自然就不会留下案底。
情节轻微的打架行为：
- 如果初中生之间的打架行为情节较轻，未造成严重后果（如仅为轻微推搡、口角引发的短暂肢体冲突），且未构成轻伤以上的伤害，一般只会按照治安管理相关规定进行处理，或者通过学校、家长进行教育、调解解决。这种情况下，同样不会留下案底，但相关记录可能会在公安机关留存，作为日后管理的参考。
二、可能会留案底的情况
达到刑事责任年龄且构成犯罪：
- 对于已满14周岁不满16周岁的初中生，如果他们实施了故意杀人、故意伤害致人重伤或死亡、强奸、抢劫、贩卖毒品、放火、爆炸、投放危险物质等严重暴力犯罪行为，并且经法院依法判决有罪，就会留下案底，即犯罪记录。这些记录将对个人未来发展产生一定影响，如在就业、政审等方面可能受到限制。
造成严重后果的打架行为：
- 如果初中生打架行为严重，导致他人轻伤及以上伤害，可能构成故意伤害罪等刑事犯罪。一旦经法院判决有罪，同样会留下案底。这种情况下，不仅会对受害者造成身心伤害，也会对施暴者本人及其家庭带来长远的负面影响。
三、法律建议与总结
- 加强教育与引导：为了避免初中生打架留下案底对个人未来造成不利影响，建议家长和学校加强教育和引导，帮助青少年树立正确的价值观和行为准则。通过法治教育、心理健康教育等方式，增强青少年的法律意识和自我控制能力。
- 增强法律意识：青少年自身也应增强法律意识，遵守法律法规，避免任何形式的暴力行为。在遇到冲突时，应学会通过合理、合法的方式解决问题，如寻求老师、家长的帮助或通过法律途径维护自己的权益。
- 及时寻求法律帮助：如果初中生因打架行为面临法律纠纷或处罚，应及时寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律咨询、辩护等服务，帮助青少年维护自己的合法权益。
总之，初中生在学校打人是否会留案底取决于多种因素，包括年龄、行为情节、是否构成犯罪等。为了避免不利后果的发生，建议家长、学校和青少年自身都应加强法律意识和教育引导，共同营造一个和谐、安全的校园环境。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。