尸检第三方鉴定机构主要归司法行政部门管理。以下是对这一问题的详细解释：

1. 管理主体：

   • 根据相关法律法规，尸检第三方鉴定机构，即司法鉴定机构，主要由司法行政部门进行管理和监督。这包括机构的设立、变更、注销登记，以及鉴定人的执业资格审核、培训、考核等。

2. 法律依据：

   • 《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》等法律法规，明确了司法行政部门在司法鉴定管理中的职责和权限。这些规定确保了尸检第三方鉴定机构的合法性和专业性，保障了司法鉴定的公正性和准确性。

3. 管理内容：

   • 司法行政部门对尸检第三方鉴定机构的管理涉及多个方面，包括但不限于机构的资质审核、业务范围界定、鉴定程序规范、鉴定质量监督等。这些管理措施旨在确保鉴定机构能够按照法律法规和行业标准进行尸检鉴定，为司法机关提供准确、可靠的鉴定意见。

4. 特殊情况：

   • 在某些特定情况下，如涉及医疗纠纷的尸检鉴定，可能还需要卫生行政部门等相关部门的参与和协作。但总体上，司法行政部门仍然是尸检第三方鉴定机构的主要管理主体。

5. 用户注意事项：

   • 如果您需要委托尸检第三方鉴定机构进行鉴定，建议选择具有合法资质和良好信誉的机构。同时，您也可以向司法行政部门咨询相关机构的资质和信誉情况，以确保鉴定的公正性和准确性。

建议：如果您对尸检第三方鉴定机构的管理或鉴定程序有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律解释和建议。