法院判决离婚后双方又达成的协议，一般不算合同纠纷，但具体需根据协议内容及性质来判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议性质与合同纠纷的界定
协议性质：
- 法院判决离婚后，双方又达成的协议，其性质取决于协议的具体内容。如果协议主要涉及离婚后的财产分割、子女抚养、债务承担等与离婚直接相关的事项，且这些事项在之前的离婚判决中可能未完全处理或双方希望进一步明确，那么该协议更倾向于被视为离婚协议的补充或变更，而非独立的合同。
- 如果协议内容超出了离婚相关事项的范围，例如涉及双方未来的商业合作、投资等，且具备合同的基本要素（如双方意思表示一致、有明确的权利义务关系等），那么该协议可能构成独立的合同。
合同纠纷的界定：
- 合同纠纷通常指的是因合同的订立、履行、变更、终止等产生的争议。如果双方达成的协议被认定为合同，且因协议的履行等问题产生争议，那么该争议就属于合同纠纷。
二、不同情况下的法律处理
协议作为离婚协议的补充或变更：
- 如果协议主要涉及离婚后的财产分割、子女抚养等事项，且双方均同意该协议作为离婚协议的补充或变更，那么该协议应受《中华人民共和国民法典》中关于婚姻家庭编的相关规定调整。
- 在这种情况下，如果因协议履行产生争议，双方应首先通过协商解决；协商不成的，可以向人民法院提起诉讼，请求法院对协议进行审查并作出判决。
协议构成独立的合同：
- 如果协议内容超出了离婚相关事项的范围，且具备合同的基本要素，那么该协议应受《中华人民共和国民法典》中关于合同编的相关规定调整。
- 在这种情况下，如果因协议履行产生争议，双方同样应首先通过协商解决；协商不成的，可以根据协议中的仲裁条款或双方达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；没有仲裁条款或仲裁协议的，可以向人民法院提起诉讼。
三、法律建议
明确协议性质：
- 在签订协议前，双方应明确协议的性质和目的，确保协议内容符合双方的真实意愿和法律规定。
完善协议条款：
- 无论协议是否构成独立的合同，双方都应尽可能完善协议条款，明确双方的权利义务关系、违约责任等，以减少未来可能产生的争议。
寻求法律帮助：
- 如果对协议的性质或条款存在疑问，或者担心未来可能产生争议，双方可以寻求专业律师的帮助，对协议进行审查或提供法律建议。
总结来说，法院判决离婚后双方又达成的协议是否算合同纠纷，需根据协议的具体内容及性质来判断。如果协议主要涉及离婚相关事项，且作为离婚协议的补充或变更，则一般不算合同纠纷；如果协议内容超出离婚相关事项范围且具备合同基本要素，则可能构成独立的合同纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。