关于合作社公章的保管问题，这通常取决于合作社的具体管理规定和内部架构。不过，我可以根据一般的管理实践和您提供的参考信息，给出一个较为全面和通用的解答。
合作社公章的保管原则：
合作社公章作为合作社的重要法律凭证，其保管应遵循安全、规范、责任明确的原则。一般来说，公章的保管应由合作社内部的一个或多个指定部门或人员负责，以确保公章使用的合法性和安全性。
具体保管方式：
集中保管：
- 在一些合作社中，公章可能由合作社的行政管理部门（如人秘科、办公室等）或财务部门统一保管。这种方式有助于集中管理，减少公章被滥用的风险。
- 保管人员需要是合作社的正式员工，且应具备良好的职业道德和责任心。
分部门保管：
- 根据合作社的规模和业务需求，公章也可能由不同的部门分别保管。例如，行政印章可能由行政管理部门保管，财务专用章则由财务部门保管。
- 这种方式有助于各部门根据自身业务需求灵活使用公章，但同时也需要加强部门间的协调和监督。
指定专人保管：
- 无论公章由哪个部门保管，都应指定专人负责具体的保管工作。保管人员需要严格遵守公章使用规定，对不符合规定的用印请求有权拒绝。
- 保管人员应定期对公章进行盘点和检查，确保公章的完好无损。
参考信息中的具体做法：
- 在您提供的参考信息中，港上镇自然村股份经济合作社的公章由经管站和各自然村共同管理，并指定了具体的保管和使用规定。
- 龙海区供销合作社联合社则明确了不同印章（如行政印章、党组印章、财务专用章等）的保管部门，并要求指定专人管理印章。
建议：
- 合作社应根据自身实际情况制定公章保管和使用规定，明确公章的保管部门、保管人员、使用范围和使用程序。
- 加强对保管人员的培训和教育，提高其法律意识和职业道德水平。
- 定期对公章的使用情况进行检查和审计，确保公章使用的合法性和规范性。
综上所述，合作社公章的保管应遵循安全、规范、责任明确的原则，并根据合作社的实际情况制定具体的保管和使用规定。如果您是合作社的管理人员或相关负责人，建议根据上述原则和建议来制定或完善您合作社的公章管理制度。