结论：公墓安葬证在儿子手里但购买发票丢失，一般情况下不影响继承权，但可能影响退款流程。以下从继承和退款两个角度进行详细分析。
一、关于继承问题
继承权的确定：
- 根据《中华人民共和国民法典》继承编的相关规定，继承开始后，按照法定继承办理；有遗嘱的，按照遗嘱继承或者遗赠办理。在您描述的情况下，若父母未留下遗嘱，则儿子作为法定继承人之一，有权继承父母的遗产，包括公墓安葬证所代表的相关权益。
- 公墓安葬证本身作为证明购买公墓的凭证，其丢失并不影响继承权的确定。继承权是基于血缘关系或法律关系而产生的，与是否持有购买凭证无直接关联。
继承流程：
- 在实际继承过程中，可能需要提供父母的死亡证明、亲属关系证明等文件，以证明继承人的身份和继承权。
- 若公墓管理方要求提供购买发票作为继承或过户的凭证，儿子可以尝试与公墓管理方沟通，说明发票丢失的情况，并提供其他相关证据（如银行转账记录、公墓安葬证等）来证明购买事实。
二、关于退款问题
退款的可能性：
- 退款问题主要取决于公墓管理方的规定和政策。如果公墓管理方允许在特定条件下退款（如未使用、符合退款条件等），并且要求提供购买发票作为退款凭证，那么发票的丢失可能会成为退款的一个障碍。
应对措施：
- 与公墓管理方沟通：首先，儿子应尝试与公墓管理方沟通，说明发票丢失的情况，并询问是否有其他替代凭证或程序可以完成退款。
- 提供其他证据：如果公墓管理方要求提供购买凭证，儿子可以尝试提供其他相关证据来证明购买事实，如银行转账记录、公墓安葬证、与公墓管理方的沟通记录等。
- 寻求法律帮助：如果公墓管理方拒绝退款且没有合理的理由，儿子可以考虑寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
三、建议与注意事项
- 保留相关证据：儿子应尽可能保留与公墓购买相关的所有证据，包括银行转账记录、公墓安葬证、与公墓管理方的沟通记录等，以备不时之需。
- 及时沟通：在遇到问题时，儿子应及时与公墓管理方沟通，了解相关规定和政策，并尝试协商解决问题。
- 咨询专业人士：如果问题复杂或无法解决，儿子可以咨询专业律师或相关机构，以获取更专业的建议和帮助。
最后，若您在处理此类问题时遇到任何法律难题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详尽的法律分析和建议。