在我国现行的劳动法体系下，公司直接对员工进行罚款确实是违法的。这一结论主要基于以下几点法律依据和解释：
一、法律依据与罚款的违法性
《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》：这两部法律明确规定了用人单位并不具备对劳动者进行经济处罚（即罚款）的权利。罚款作为行政处罚的一种，其执行权仅属于具有行政处罚权的行政机关，企业并不具备这样的权力。
司法实践：在多数劳动争议案件中，仲裁机构或法院都会判定公司的直接罚款行为不具有合法性，因为这违反了劳动法的相关规定。
二、合法经济扣减的情形
尽管公司不能直接罚款，但在某些特定情况下，法律允许公司进行合法的经济扣减，但这并不等同于罚款，且必须严格遵守法律规定：
因员工过错造成损失：如果员工因个人原因给公司造成了经济损失，公司有权按照劳动合同的约定要求员工进行赔偿，并从其工资中扣除相应的金额。但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余的工资不得低于当地的月最低工资标准。
基于合法有效的规章制度：公司可以制定经过民主程序（如职工代表大会讨论、与工会协商等）且内容不违反法律法规的规章制度。当员工违反这些规章制度时，公司可以按照规定进行相应的处理，如扣减绩效奖金等。但这些处理措施必须确保合法且合理，不能涉及直接的经济罚款。
三、公司合法管理员工的替代方式
为了合法地管理员工，公司可以采取以下替代方式：
制定并执行规章制度：公司应制定合理的规章制度来管理和约束员工行为，明确违纪行为及相应的处罚措施（如警告、记过、降职等），并确保这些措施符合法律法规要求。
经济赔偿协议：对于因员工个人原因造成的经济损失，公司可以与员工签订经济赔偿协议，按照法律规定的方式和比例进行赔偿。
四、员工权益保护途径
如果公司违法对员工进行罚款，员工有权采取以下措施来保护自己的合法权益：
投诉与举报：员工可以向劳动保障监察部门投诉举报公司的违法罚款行为，要求公司支付被克扣的工资，并可能获得赔偿金。
劳动仲裁与诉讼：员工还可以通过劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。劳动仲裁的期限通常为60天，员工可以在此期间收集证据并与公司协商解决争议；如果对仲裁结果不满，可以进一步提起诉讼。
总结与建议：公司直接对员工进行罚款是违法的，但可以通过合法合理的方式进行经济扣减。公司应遵守法律法规，制定合法的规章制度来管理员工；同时，员工也应了解自己的权益保护途径，以确保双方的合法权益得到妥善维护。在遇到问题时，建议咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律指导和帮助。