在监狱服刑期间违纪扣了100分，对三年后减刑的影响需结合具体情形判断，但总体而言，这一违纪行为会显著降低减刑的可能性或幅度。以下从多个角度详细分析：

一、减刑的基本条件与考核机制

根据《刑法》第七十八条及相关司法解释，罪犯在服刑期间若认真遵守监规、接受教育改造、确有悔改表现或有立功表现，可依法减刑。而“确有悔改表现”通常需满足以下条件：

1. 认罪悔罪：承认犯罪事实，服从法院判决。
2. 遵守法律法规及监规：无严重违纪行为。
3. 积极参加教育改造：完成学习任务，参与劳动。
4. 积极参加思想、文化、职业技术教育：提升自身素质。

监狱内部会通过计分考核制度对罪犯的日常表现进行量化评价，包括遵守监规、劳动表现、学习情况等。违纪扣分是计分考核的重要组成部分，直接反映罪犯的改造态度。扣分越多，表明其改造表现越差，越难以满足“确有悔改表现”的减刑条件。

二、扣100分的具体影响

1. 直接影响减刑资格
   若扣分达到一定阈值（如累计扣分超过一定标准），罪犯可能被认定为“不认真遵守监规”，从而丧失当次减刑申报资格。即使三年后申请减刑，此次违纪记录仍会作为重要参考，影响监狱或法院的判断。

2. 降低减刑幅度
   即使未完全丧失减刑资格，扣分也会直接减少可减刑的幅度。例如，若原本可减9个月，但因违纪扣分，可能仅减6个月或更少。具体幅度需结合罪犯的整体表现、犯罪性质、社会危害性等因素综合判定。

3. 延长减刑间隔期
   部分地区规定，罪犯在两次减刑之间需满足一定的间隔期（如1年或2年）。若因违纪被扣分，可能延长下一次减刑的等待时间，进一步推迟实际出狱日期。

三、其他潜在影响

1. 影响假释申请
   假释要求罪犯“没有再犯罪的危险”，而严重违纪行为可能被视为“改造不彻底”的证据，从而增加假释被驳回的风险。

2. 影响分级处遇
   监狱会根据罪犯的表现划分不同管理等级（如宽管、普管、严管）。违纪扣分可能导致等级下调，进而影响通信、会见、购物等权益。

四、建议与应对措施

1. 立即停止违纪行为
   若仍在服刑，应严格遵守监规，避免再次扣分，以逐步修复改造形象。

2. 积极表现弥补过失
   通过超额完成劳动任务、参与监狱组织的活动、撰写悔过书等方式，展示悔改诚意，争取加分或抵消部分扣分。

3. 咨询监狱管理部门
   了解具体扣分规则及减刑政策，明确自身处境及改进方向。

4. 委托家属或律师沟通
   若认为扣分不公或减刑受阻，可委托家属向监狱申诉，或由律师依法提出异议。

总结：违纪扣100分对减刑的影响不容忽视，但并非绝对否定。关键在于后续表现及是否符合“确有悔改表现”的核心标准。建议从当下做起，严格自律，积极改造，以最大限度争取减刑机会。如有进一步疑问，可直接向我咨询。