不按规划设计建设厂房属于违法行为，需承担相应法律责任并采取补救措施，具体处理方式需结合违法情节、是否造成损害后果等因素综合判断。以下从法律责任、补救措施、实务建议三个角度展开分析：

一、法律责任：可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任

1. 行政处罚
   根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可证内容建设的，由城乡规划部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除影响的，限期改正并处工程造价5%-10%罚款；无法改正的，限期拆除或没收实物/违法收入，可并处工程造价10%以下罚款。
   实务要点：若厂房已建成，行政机关可能直接作出“限期拆除决定”，企业需在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，否则可能面临强制执行。

2. 民事赔偿
   若因违规建设导致相邻方采光、通风、排水等权益受损，需依据《民法典》第二百九十三条承担侵权责任，包括停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。
   案例参考：某企业因扩建厂房遮挡邻居阳光，法院判决拆除违规部分并赔偿精神损失费2万元。

3. 刑事责任（极端情况）
   若违规建设导致重大安全事故（如坍塌致人伤亡），可能触犯《刑法》第一百三十四条【重大责任事故罪】或第一百三十七条【工程重大安全事故罪】，直接责任人可能面临三年以下有期徒刑或拘役。

二、补救措施：分阶段处理降低损失

1. 建设阶段补救

   • 立即停工并申请规划变更：若厂房尚未完工，可向规划部门提交《建设工程规划许可证》变更申请，补充完善设计图纸、施工方案等材料。
     
   • 委托第三方评估：通过具有资质的测绘机构出具现状与规划的对比报告，作为后续协商或行政处理的依据。

2. 建成后补救

   • 协商整改：与规划部门沟通，通过补缴罚款、调整功能分区（如将生产区改为仓储区）等方式争取保留部分建筑。
     
   • 申请“以罚代拆”：若厂房符合消防、环保等安全标准，可依据地方性法规申请缴纳罚款后保留使用（需注意部分地区已取消此政策）。

三、实务建议：预防优于补救

1. 建设前合规审查

   • 核对土地性质：确保厂房用地符合《土地管理法》规定的工业用地要求，避免在农用地或住宅用地上建设。
     
   • 严格审批流程：依次办理《建设用地规划许可证》《建设工程规划许可证》《施工许可证》，缺一不可。

2. 建设过程动态监控

   • 定期比对设计图纸：委托监理单位每月核查施工进度与规划许可的符合性，留存书面记录。
     
   • 避免“先斩后奏”：即使因工期紧张需调整设计，也需在变更前取得规划部门书面同意。

3. 争议解决路径选择

   • 行政争议：对处罚决定不服的，应在收到决定书之日起60日内申请复议或6个月内起诉，逾期将丧失救济权利。
     
   • 民事争议：优先通过调解解决相邻纠纷，若调解不成，需在知道权益受损之日起3年内起诉。

提示：若您已收到《责令停止建设通知书》或《限期拆除决定书》，建议立即携带相关材料与我沟通，我将结合厂房结构、使用年限、地方政策等因素制定应对方案，最大限度维护企业权益。