结论：代理出口公司帮忙出口，美金由自己公司收取是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合外汇管理规定及税务合规要求。以下从不同角度展开分析：

1. 外汇管理角度

根据中国外汇管理规定，出口收汇需遵循“谁出口谁收汇”原则。若代理出口协议明确约定由您公司（委托方）自行收汇，且符合以下条件，则合法：

• 代理协议合法：需签订书面代理出口协议，明确双方权利义务，包括收汇主体、货款结算方式等；
• 报关单与收汇主体一致：出口报关单上的“经营单位”需为您公司，或虽为代理公司但能提供代理出口证明文件（如《代理出口货物证明》）；
• 外汇核销合规：您公司需按实际出口金额办理外汇核销，并提供报关单、合同、发票等证明材料。

风险提示：若代理公司以自身名义报关出口，但货款由您公司收取，可能被认定为“借汇”行为，违反外汇管理规定，面临罚款或行政处罚。

2. 税务合规角度

出口退税需满足“两单一致”（报关单与增值税专用发票信息一致）及“资金流一致”（收汇主体与退税主体一致）。若美金由您公司收取，需确保：

• 增值税专用发票开具对象：代理公司需向您公司开具增值税专用发票，且发票上的购货方名称与报关单“经营单位”一致；
• 退税主体匹配：若您公司为退税主体，需确保收汇、报关、发票信息均指向您公司；若代理公司为退税主体，则美金应由代理公司收取。

风险提示：若资金流与发票流、报关流不一致，可能导致退税被拒或追缴，甚至涉嫌虚开发票等刑事犯罪。

3. 合同与操作建议

为确保合法合规，建议采取以下措施：

• 明确协议条款：在代理出口协议中明确约定收汇主体、货款结算方式（如代理公司代收后转付给您公司，或您公司直接收汇）、退税责任划分等；
• 操作留痕：保留所有交易文件（如报关单、合同、发票、外汇核销单、银行水单等），以备税务或外汇检查；
• 定期自查：定期核对资金流、货物流、发票流是否一致，避免因操作疏忽导致违规。

总结：美金由您公司收取是否合法，需结合代理协议、报关方式、税务处理等综合判断。若操作规范且符合外汇及税务规定，则合法；反之可能面临行政或刑事风险。如有具体操作疑问，可进一步向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。