针对您提出的“工程对方失联但工程被政府使用”的情况，我首先明确结论：您需要采取一系列法律措施来保护自己的权益，包括确认工程状态、收集证据、尝试联系对方、向政府申报权益以及考虑法律诉讼等。以下是我从多个角度为您详细分析的建议：
一、确认工程状态与政府使用情况
核实工程是否已竣工验收：首先，您需要确认工程是否已经完成了竣工验收程序。如果工程已经验收合格并被政府使用，那么这通常意味着工程在技术上和质量上都是符合要求的。
了解政府使用工程的性质：政府使用工程可能是基于公共利益的需要，如临时征用、紧急使用等。您需要了解政府使用工程的具体性质、期限以及是否支付了相应的费用或补偿。
二、收集证据与资料
保留工程合同与相关文件：确保您保留了与工程相关的所有合同、协议、图纸、变更通知等文件。这些文件将是您后续维权的重要依据。
收集政府使用工程的证据：如果可能的话，收集政府使用工程的照片、视频、政府文件等证据，以证明工程确实已被政府使用。
三、尝试联系对方并了解失联原因
多渠道尝试联系：尽管对方失联，但您仍应通过电话、邮件、信函等多种方式尝试联系对方，了解失联的具体原因。
了解对方财务状况：如果对方因财务问题失联，您需要了解对方的财务状况，以便评估后续维权的风险和可能性。
四、向政府申报权益并寻求协助
向政府相关部门申报权益：您可以向政府使用工程的部门或相关管理部门申报您的权益，说明工程的情况、您的权益以及对方失联的情况。
寻求政府协助：政府可能愿意协助您联系对方或提供其他形式的帮助，如调解、仲裁等。
五、考虑法律诉讼途径
提起民事诉讼：如果对方长期失联且无法通过其他途径解决争议，您可以考虑向法院提起民事诉讼，要求对方履行合同义务或赔偿损失。在提起诉讼前，您需要准备好充分的证据和法律文件。
申请宣告对方失踪或死亡（如适用）：如果对方长期失联且下落不明，您可以考虑根据《民法典》的相关规定，向法院申请宣告对方失踪或死亡。这将有助于您在法律上处理与对方相关的权益问题。但请注意，这一步骤需要谨慎考虑，并咨询专业律师的意见。
关注诉讼时效问题：在提起诉讼前，请确保您了解并遵守相关的诉讼时效规定。根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
六、后续行动建议
持续关注工程状态：即使工程已被政府使用，您仍应持续关注工程的状态和政府的使用情况，以便及时采取必要的法律措施。
加强合同管理：在未来的工程合作中，建议您加强合同管理，明确双方的权利和义务，以及违约责任和争议解决方式等条款，以降低类似风险的发生。
最后，我建议您在处理此类复杂情况时，务必咨询专业律师的意见。作为专注于公司事务和合同纠纷领域的律师，我能够为您提供更具体、更专业的法律建议。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。