结论：员工罚款直接打入公司账户是否合法不能一概而论，需分情况讨论。以下是具体分析：

1. 公司规章制度合法性前提
   根据《劳动合同法》第四条，公司制定涉及员工切身利益的规章制度（如罚款条款）需满足：

   • 民主程序：经职工代表大会或全体职工讨论协商确定；
     
   • 公示告知：通过培训、签字确认等方式确保员工知悉；
     
   • 内容合法：罚款金额不得超过月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
     若公司未履行上述程序，罚款制度本身即违法，罚款行为无效。

2. 罚款性质与法律限制

   • 行政处罚权：仅行政机关（如劳动监察部门）有权对违法行为实施罚款，企业无此权力。
     
   • 经济处罚权：企业仅能依据合法有效的规章制度，对员工违反劳动纪律或造成经济损失的行为进行象征性扣款（如迟到扣款），且需符合《工资支付暂行规定》第十六条的限制。
     若公司以“罚款”名义变相克扣工资，可能涉嫌违法。

3. 资金流向的合规性

   • 合法情形：若罚款符合上述条件，且公司明确将款项用于公共利益（如员工福利基金），需在规章制度中载明资金用途并接受监督；
     
   • 违法情形：若公司私自将罚款转入个人账户或挪作他用，可能构成侵占员工财产，需承担返还及赔偿责任。

建议行动：

1. 核查公司罚款制度的制定程序与内容合法性；
   
2. 确认罚款金额是否超出法定比例；
   
3. 要求公司出具书面罚款通知，明确违规事实、依据及金额；
   
4. 若认为权益受损，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。