当公司员工提交离职书时，办理离职手续需要遵循一定的流程和规定，以确保整个过程的合法性和规范性。以下是一个详细且深入的离职手续办理指南：

一、工作交接

1. 交接工作表单：人力资源部应制订一份规范的离职员工交接工作表单。这份表单应明确列出交接工作的具体事项、进展进度、联系人以及后续工作的开展情况。这有助于确保交接工作的全面性和准确性。

2. 交接过程：离职员工应按照表单上的要求，与接手工作的同事进行详细的交接。这包括工作文件的传递、工作进度的说明、客户信息的交接等。交接过程中，双方应签字确认，以确保交接的完整性和可追溯性。

二、档案、社保、公积金处理

1. 档案封存或转移：完成工作交接后，人力资源部需要确认离职员工的档案是否已封存或转移。如果员工有新的接收单位，档案应转移至新单位；如果没有，则应封存并妥善保管。

2. 社保暂停或转移：根据离职员工的实际情况，人力资源部需要为其办理社会保险的暂停或转移手续。这包括城镇企业职工社会保险、企业职工医保等。确保离职员工的社会保险权益得到妥善处理。

3. 公积金账户封存或转移：对于离职员工的住房公积金账户，人力资源部需要确认其是否已封存或转移。如果员工有新的缴存单位，公积金账户应转移至新单位；如果没有，则应封存并暂停缴存。

三、工资结算

1. 工资结算协议：在为员工办理工资结算手续时，最好与员工签订一份工资结算协议。协议中应明确已经结算工资的明细，包括基本工资、奖金、津贴等，并加以说明。同时，协议中应明确说明“协议签订后，工资已经结算完毕，员工和公司之间不存在薪酬的异议”。

2. 工资支付：根据工资结算协议，公司应及时支付离职员工的工资。支付方式可以是银行转账或现金支付，具体取决于公司的规定和离职员工的意愿。

四、开具解除证明

依法为员工开具解除劳动合同的证明是离职手续办理的重要一环。这份证明应明确说明离职员工的姓名、身份证号码、离职日期、离职原因等信息，并加盖公司公章。解除证明是离职员工办理后续手续（如领取失业保险金、办理社保转移等）的重要依据。

五、其他注意事项

1. 离职申请材料：根据当地政务服务的要求，离职员工可能需要提交一些申请材料，如有效身份证件、与原工作单位解除或终止人事（劳动）关系材料等。人力资源部应提前告知离职员工所需材料，并协助其准备。

2. 办理方式：离职手续的办理方式可能因地区而异。一些地区提供了线上办理服务，如通过政务服务网、人社网上办事大厅等平台进行申请。人力资源部应了解当地的办理方式，并告知离职员工。

3. 办理时限：离职手续的办理时限可能因地区和具体事项而异。人力资源部应了解当地的办理时限要求，并尽量在规定时间内完成办理工作，以避免给离职员工带来不必要的麻烦。

综上所述，当公司员工提交离职书时，人力资源部应按照上述流程办理离职手续，确保整个过程的合法性和规范性。同时，人力资源部还应与离职员工保持良好的沟通，及时解答其疑问，提供必要的帮助和支持。