医疗机构法定代表人的核定部门主要是卫生健康行政部门（原卫生行政部门）。以下是详细解释：

1. 核定部门的确定：

   • 根据相关法律法规及实践，医疗机构的法定代表人通常由卫生健康行政部门在医疗机构设立、变更或注销等登记过程中进行核定。这一核定过程往往与医疗机构的执业许可、登记注册等行政程序紧密相关。

2. 核定依据：

   • 卫生健康行政部门在核定医疗机构法定代表人时，会依据《医疗机构管理条例》等相关法律法规的规定，审查医疗机构提交的设立申请、章程、人员资质等材料，确保法定代表人的资格符合法定要求。

3. 核定流程：

   • 医疗机构在设立或变更法定代表人时，需向卫生健康行政部门提交相关申请材料，包括但不限于设立申请书、章程、拟任法定代表人的身份证明及资质证明等。
   • 卫生健康行政部门在收到申请材料后，会进行审查，并在必要时进行现场核查。审查通过后，会核发或变更医疗机构的执业许可证，并在执业许可证上注明法定代表人的姓名。

4. 特殊情况下的核定：

   • 在某些特殊情况下，如医疗机构发生合并、分立、改制等情形，法定代表人的核定可能涉及多个部门或需要经过更复杂的程序。此时，医疗机构需按照相关法律法规的规定，向卫生健康行政部门及其他相关部门提交申请，并按照要求完成核定程序。

5. 法律后果：

   • 如果医疗机构未按照规定核定法定代表人，或者核定的法定代表人不符合法定要求，卫生健康行政部门有权责令其改正，并可能给予相应的行政处罚。同时，这也可能影响医疗机构的正常运营和法律责任承担。

建议：

• 医疗机构在设立或变更法定代表人时，应严格按照相关法律法规的规定，向卫生健康行政部门提交申请材料，并确保材料的真实性和完整性。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律指导，医疗机构可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。