在夫妻双方均不同意做亲子鉴定的情况下，法院一般不能直接强制执行亲子鉴定，但在特定情形下，法院可依据证据规则作出认定。 以下是详细分析：
一、亲子鉴定的基本原则
亲子鉴定原则上应遵循双方自愿的原则，这是基于法律对个人隐私权和自主决定权的尊重。法律并未赋予法院直接强制当事人进行亲子鉴定的权力，因为这涉及到对个人身体权的侵犯以及隐私权的保护。
二、法院可依据证据规则作出认定的情形
尽管法院不能直接强制进行亲子鉴定，但在某些特定情形下，如果一方提供了必要的证据来支持其亲子关系的主张，而另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，法院可以根据相关法律规定和司法实践，推定请求确认或否认亲子关系一方的主张成立。具体来说：
《中华人民共和国民法典》第一千零七十三条：该条款规定，对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。成年子女也可以向人民法院提起诉讼，请求确认亲子关系。这是亲子关系诉讼的基本法律依据，明确了当事人提起诉讼的权利。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条：该司法解释进一步细化了亲子关系诉讼的具体操作。当父或者母向人民法院起诉请求否认亲子关系，并已提供必要证据予以证明，而另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定否认亲子关系一方的主张成立。同样，当父或者母以及成年子女起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，而另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院也可以认定确认亲子关系一方的主张成立。
三、实际操作中的考量因素
证据充分性：请求确认亲子关系的一方需要提供必要的证据来支持其主张。这些证据可能包括出生记录、医疗记录、证人证言等。如果证据不足以支持其主张，即使另一方拒绝进行亲子鉴定，法院也可能不会认定请求方的主张成立。
保护未成年人权益：如果涉及未成年子女的亲子关系确认，法院会更加谨慎地处理，确保未成年人的合法权益不受侵害。在某些情况下，为了未成年人的利益，法院可能会倾向于支持进行亲子鉴定，但这仍然需要基于充分的证据和合理的理由，且不能直接强制进行。
拒绝鉴定的后果：一方拒绝进行亲子鉴定并不直接导致其承担不利后果。但是，如果没有其他相反证据且拒绝鉴定的一方无法提供合理解释，法院可能会根据现有证据和案件情况作出对其不利的推断。
四、举例说明
假设在一对夫妻的离婚案件中，丈夫怀疑子女非亲生，并提供了孩子外貌特征不符、受孕期间分居等初步证据。妻子则拒绝进行亲子鉴定。在这种情况下，如果丈夫能够进一步提供其他证据来支持其主张，而妻子无法提供相反证据，法院可能会根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条的规定，推定丈夫的主张成立，即子女非亲生。
总结来说，虽然法院不能直接强制夫妻双方进行亲子鉴定，但在特定情形下，如果一方提供了必要的证据来支持其亲子关系的主张，而另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，法院可以根据相关法律规定和司法实践作出认定。因此，在面临亲子鉴定问题时，建议当事人充分了解相关法律法规和司法实践，并咨询专业律师以维护自身合法权益。