结论：公司的法定代表人以个人名义销售货物，即便有法院的判决书，一般也不可以直接以公司名义代开发票，但个人可以依法申请代开发票。以下从不同角度进行分析：
一、发票开具的主体与名义
发票开具的名义：
- 发票是交易活动的直接证据，其开具应当与实际交易主体一致。如果公司的法定代表人以个人名义销售货物，那么发票的开具也应当以该个人的名义进行，而非公司名义。
公司名义代开的限制：
- 即便有法院的判决书，这通常只能证明某种法律关系或事实的存在，但并不能直接改变发票开具的名义。除非判决书明确指示公司需为该个人销售行为代开发票，且这种指示符合税法规定，否则公司一般无权以自身名义为该个人代开发票。
二、个人申请代开发票的途径
税务机关代开：
- 如果法定代表人以个人名义销售货物并需要开具发票，他/她可以向当地税务机关申请代开发票。这通常需要提供相关的交易证明、身份证明等材料，并按照税务机关的要求缴纳应纳税款。
自行开具（如具备条件）：
- 如果该个人已经办理了税务登记并领取了发票，那么他/她可以自行开具发票。但这种情况通常适用于经常性从事销售活动的个人，且需要满足一定的税务管理要求。
三、法律后果与风险提示
违法开具发票的后果：
- 如果公司或个人违反税法规定，擅自以他人名义或虚构交易开具发票，可能会面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等。在严重情况下，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
合规建议：
- 为了避免法律风险和税务问题，建议公司的法定代表人在进行销售活动时，明确交易主体和发票开具名义。如果确实需要以公司名义进行交易并开具发票，应当确保交易活动符合公司法和税法的规定，并办理相关的手续和审批。
四、特殊情况下的处理
- 如果法院的判决书确实涉及到了发票开具的问题，并且明确指示了公司需为该个人销售行为代开发票，那么公司应当仔细研究判决书的内容，并咨询当地税务机关的意见。在符合税法规定的前提下，公司可以按照判决书的指示进行操作。但这种情况相对特殊，需要具体问题具体分析。
总结与建议：公司的法定代表人以个人名义销售货物时，一般应由个人依法申请代开发票。如果涉及特殊情况或需要进一步了解相关法律问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。