在网贷逾期很长时间后进行协商还款，确实需要妥善留存一些关键证据来保障自身权益。以下是一些详细的建议，希望能帮助到您：
一、协商前的证据准备
借款合同与协议：
- 收集并整理所有与网贷相关的合同、协议、借条等书面材料。这些材料是证明您与网贷平台之间借贷关系的基础，务必确保它们的完整性和真实性。
- 仔细核对合同中的借款金额、利率、还款期限、违约责任等关键信息，以便在协商时能够准确陈述自己的权益和义务。
还款记录：
- 保留所有还款记录，包括银行转账记录、第三方支付平台的交易截图等。这些记录能够证明您过去的还款情况，是协商时的重要参考。
逾期原因证明：
- 如果逾期是由于特殊原因造成的，如失业、疾病等，尽量收集相关证明材料，如失业证明、医疗证明等。这些材料能够增加您的可信度，有助于在协商时获得更宽容的条件。
二、协商过程中的证据留存
沟通记录：
- 保留与网贷平台或催收人员的所有沟通记录，包括电话录音、短信、微信聊天记录等。这些记录能够证明您与平台之间的协商过程，以及平台对协商内容的认可情况。
- 在进行电话沟通时，建议使用具有录音功能的设备或应用程序进行通话录音，并确保录音的清晰度和完整性。
书面协商记录：
- 尽量通过书面形式（如邮件、信函）与网贷平台进行协商，以便留下可追溯的证据。在书面材料中，明确双方同意的还款方案、延期时间、减免利息等具体条款。
- 如果平台同意通过书面形式确认协商结果，务必要求平台提供书面确认函或电子邮件回复，并仔细核对确认函中的内容是否与协商结果一致。
支付凭证：
- 每次按照协商结果进行还款后，务必保存好支付凭证，如银行转账记录、第三方支付平台的交易截图等。这些凭证将作为您已履行还款义务的直接证据，有助于在后续争议解决中维护您的权益。
三、特殊情况下的证据收集
面对暴力催收：
- 如果遭遇暴力催收行为，如威胁、恐吓、骚扰等，应立即报警并保留相关证据。证据可以包括电话录音、短信截图、视频录像等。这些证据将有助于您在法律程序中维护自己的合法权益。
平台违规操作：
- 如发现网贷平台存在违规操作，如高额利息、砍头息等，应收集相关证据并向相关部门举报。证据可以包括借款合同、还款记录、催收记录等。这些证据将有助于揭露平台的违规行为，保护其他借款人的利益。
四、证据的管理与保存
分类整理：
- 将收集到的证据按照时间顺序或类别进行分类整理，便于后续查阅和使用。可以建立电子文件夹或纸质档案袋来存放这些证据。
安全存储：
- 对于电子证据，建议使用云存储、外部硬盘等方式进行备份，防止数据丢失。同时，确保备份数据的保密性和安全性，避免泄露给无关人员。
- 对于纸质证据，应存放在干燥、通风的地方，避免受潮、损坏。可以考虑使用防火、防水的档案盒来存放这些证据。
总之，在网贷逾期协商还款过程中，妥善留存证据对于保障自身权益至关重要。希望以上建议能够帮助您有效留存证据，并在协商过程中维护自己的合法权益。