在我国，依法没收的违法建筑物的管理权主要归属于县级以上地方人民政府自然资源主管部门、城乡规划主管部门以及乡（镇）人民政府，具体取决于违法建筑物的性质、位置及违法情形。以下是对这一问题的详细分析：

1. 自然资源主管部门：

   • 管理情形：当违法建筑物涉及非法占用土地，特别是将农用地擅自改为建设用地时，自然资源主管部门有权进行查处。根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
   • 举例：若某企业在未获得批准的情况下，擅自将农用地改为工业用地并建设厂房，自然资源主管部门将有权对该厂房进行没收处理。

2. 城乡规划主管部门：

   • 管理情形：对于城市规划区内违反规划建设的建筑物，城乡规划主管部门有权进行查处。根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入。
   • 举例：若某开发商在城市规划区内未取得建设工程规划许可证就擅自建设住宅楼，城乡规划主管部门将有权对该住宅楼进行没收或拆除处理。

3. 乡（镇）人民政府：

   • 管理情形：在乡、村庄规划区内，对于未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的建筑物，乡（镇）人民政府有权进行查处。根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，乡、镇人民政府可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。虽然该条款未直接提及“没收”，但在实际操作中，对于符合一定条件的违法建筑，乡（镇）人民政府在依法履行相关程序后，也可配合上级部门进行没收处理。
   • 举例：若某村民在乡、村庄规划区内未经审批就擅自建设房屋，乡（镇）人民政府将有权对该房屋进行查处，包括责令停止建设、限期改正或拆除等。在特定情况下，也可能涉及没收。

综合建议：

• 对于违法建筑物的没收处理，各部门需严格依照法律法规进行，确保执法行为的合法性和公正性。
• 违法建筑物的具体处理方式（如拆除、没收等）需根据违法情形、建筑物性质及位置等因素综合判断。
• 若您面临与违法建筑物没收相关的问题，建议及时咨询当地相关部门或向我咨询，以获取更具体的指导和帮助。

法律后果提示：

• 违法建设行为不仅可能面临建筑物的没收或拆除，还可能承担罚款等法律责任。
• 对于被没收的违法建筑物，原建设者或使用者需配合相关部门的处理决定，依法履行相应义务。