沼气发电本身并不违法，但具体是否合法需根据实际情况判断，主要涉及是否符合相关法律法规、是否获得必要的行政许可以及是否满足环保要求等多个方面。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律法规层面

沼气发电作为一种可再生能源的利用方式，通常受到国家政策的鼓励和支持。然而，这并不意味着所有沼气发电项目都无需遵守任何法律法规。实际上，沼气发电项目必须遵守国家关于能源、环保、土地使用等方面的法律法规。例如，如果沼气发电项目涉及土地使用，就需要遵守《土地管理法》等相关规定；如果涉及环保问题，就需要遵守《环境保护法》等相关法规。

二、行政许可层面

沼气发电项目通常需要获得相关部门的行政许可才能合法运营。这些许可可能包括但不限于：

1. 项目立项许可：确保项目符合国家产业政策和地方发展规划。
2. 环保审批许可：确保项目符合环保要求，不会对环境造成污染。
3. 电力业务许可（如适用）：如果沼气发电项目并网发电，可能需要获得电力业务许可。

如果沼气发电项目未获得必要的行政许可，就擅自运营，那么这种行为就是违法的。

三、环保要求层面

沼气发电项目必须满足严格的环保要求。沼气发电过程中可能会产生废气、废水等污染物，如果处理不当，就会对环境造成污染。因此，沼气发电项目必须配备相应的环保设施，并确保这些设施正常运行，以有效处理污染物。如果沼气发电项目未满足环保要求，就可能面临环保部门的处罚，甚至被责令停产整顿。

四、实际操作建议

1. 了解相关法律法规：在启动沼气发电项目前，务必详细了解国家关于能源、环保、土地使用等方面的法律法规，确保项目合法合规。
2. 申请必要的行政许可：根据项目实际情况，向相关部门申请必要的行政许可，确保项目能够合法运营。
3. 配备环保设施：根据项目规模和污染物产生情况，配备相应的环保设施，并确保这些设施正常运行。
4. 定期接受环保检查：主动接受环保部门的检查，及时整改存在的问题，确保项目持续符合环保要求。

如果你正在考虑或已经在进行沼气发电项目，并对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。