针对您提出的“已过执行期限的案件应该怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，申请执行的期间通常为两年，这是法律为了督促债权人及时行使权利，维护法律生活秩序的安定，以及便于法院及时掌握被执行人的行踪及财产线索而设定的。然而，如果案件已经超过了这一执行期限，并不意味着债权人就完全丧失了权利。

一、超过执行期限并不丧失实体权利

在我国法律体系中，申请执行时效与诉讼时效在法律性质上是一致的。它们都不导致实体权利的丧失，而只是使权利人丧失了请求权，债务人则获得了不履行的抗辩权。换句话说，即使超过了执行期限，债权人的权利本身并没有消灭，只是其权利的效力有所减损。

二、法院对超过执行期限案件的处理方式

1. 受理申请：根据相关法律规定，即使申请执行人超过了申请执行时效期间向人民法院申请强制执行，人民法院也应当予以受理。这是因为执行时效并不是人民法院依职权主动审查的事项，它不属于立案审查的要件。

2. 审查异议：如果被执行人对申请执行时效期间提出异议，人民法院会进行审查。如果审查后认为异议成立，即确实超过了执行期限且没有中止、中断等法定事由，那么法院会裁定不予执行。

3. 默认履行：如果被执行人未对申请执行时效提出异议，那么可以视为其默认同意履行生效法律文书确定的义务。在这种情况下，法院会继续执行程序。

4. 抵销权不受限制：在执行过程中，如果双方互负到期债务，且债务的标的物种类、品质相同，那么即使超出了执行时效，也不妨碍抵销权的成立。抵销通知为单方意思表示，只要到达对方，无须同意即可发生抵销的法律后果。

三、特殊情况下的处理

• 如果被执行人在作出同意履行义务的意思表示后，又以超过申请执行时效为由提出异议，人民法院将不予支持。
• 如果被执行人已经履行了全部或者部分义务，之后又以不知道申请执行时效期间届满为由请求执行回转，人民法院同样不会支持。

四、建议与提醒

为了避免因超过执行期限而影响权利的实现，我建议您在法院作出生效裁判后，务必及时申请强制执行。同时，如果您作为申请执行人发现案件已经超过了执行期限，也不要轻易放弃，因为被执行人并不当然免除偿还债务的责任。您可以向人民法院提出申请，并等待法院的受理和审查结果。

综上所述，即使案件已经超过了执行期限，您仍然有机会通过法律途径来维护自己的权益。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时告诉我。