案子提交到检察院不予起诉，一般情况下不会留下案底，但存在例外情况。以下是对这一问题的详细分析：
一、不予起诉的一般情况
定义与性质：
- 不予起诉，即检察院对公安机关移送起诉的案件，经过审查后认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或者依法不应追究刑事责任，而决定不向法院提起公诉的行为。
- 从法律性质上看，不予起诉是检察院对案件的一种处理决定，它并不等同于有罪判决。
案底问题：
- 在一般情况下，由于不予起诉并未对犯罪嫌疑人作出有罪判决，因此不会留下案底。案底通常指的是犯罪记录，即因犯罪行为被法院判决有罪后留下的记录。
二、不予起诉的例外情况
酌定不起诉与证据不足不起诉：
- 酌定不起诉（相对不起诉）和证据不足不起诉（存疑不起诉）的情况下，虽然检察院决定不起诉，但案件材料可能会被存档备查。不过，这种存档并不等同于案底，它更多是为了内部管理和监督的需要。
- 在这些情况下，犯罪嫌疑人通常不会被视为有犯罪记录，但在某些特定场合（如出国签证、某些职业资格申请等），可能需要提供无犯罪记录证明，此时可能需要说明不予起诉的情况。
法定不起诉的特殊情况：
- 如果犯罪嫌疑人因犯罪情节轻微、已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人死亡等法定情形而被不起诉，这些情况下通常也不会留下案底。
- 但是，如果犯罪嫌疑人之前已有犯罪记录，或者不予起诉的决定是基于某些特殊原因（如涉及国家秘密、个人隐私等），那么这些情况可能会在内部记录中有所体现，但一般不对外公开。
后续影响：
- 尽管不予起诉通常不会留下案底，但犯罪嫌疑人仍需注意，不予起诉并不意味着完全无事。例如，如果犯罪嫌疑人涉及的是经济犯罪或职务犯罪，即使不予起诉，也可能面临行政处罚、民事赔偿等后续问题。
- 此外，如果犯罪嫌疑人在不予起诉后再次犯罪，之前的案件材料可能会被作为量刑的参考因素之一。
三、建议与注意事项
了解具体原因：
- 如果收到检察院的不予起诉决定书，建议仔细阅读决定书内容，了解不予起诉的具体原因和法律依据。
咨询专业律师：
- 如有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询，我专注于刑事辩护领域）。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，确保你的权益得到保障。
注意后续行为：
- 即使不予起诉，也应遵守法律法规，避免再次犯罪或涉及其他违法行为。否则，可能会面临更严重的法律后果。
综上所述，案子提交到检察院不予起诉，一般情况下不会留下案底。但具体还需根据不予起诉的类型和原因来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。