国有企业员工通过不正当途径进入公司，属于严重违反企业规章制度及可能涉及违法违规的行为，企业应依法依规严肃处理，处理方式需结合具体情节、后果及证据情况综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 企业内部的初步调查与证据固定

• 调查程序：企业应立即启动内部调查程序，成立专项调查组（可由人力资源、纪检监察、法务等部门组成），通过查阅入职材料（如简历、学历证书、背景调查记录）、面试记录、审批流程等，核实员工入职过程中是否存在伪造材料、虚构经历、行贿受贿、利用职权干预等不正当行为。
• 证据固定：调查过程中需注重证据的合法性、关联性和充分性，例如留存书面材料、录音录像、证人证言等，避免因证据瑕疵导致后续处理无效。

2. 根据情节轻重分类处理

• 情节较轻（如材料造假但未造成重大损失）：
  • 解除劳动合同：依据《劳动合同法》第39条，员工以欺诈手段使企业在违背真实意思的情况下订立劳动合同的，企业可单方解除合同且无需支付经济补偿。
  • 追偿损失：若员工行为导致企业经济损失（如培训费用、招聘成本等），可要求其赔偿。
• 情节严重（如涉及贪污受贿、职务侵占等违法犯罪）：
  • 移送司法机关：若调查发现员工行为涉嫌犯罪（如伪造国家机关证件罪、非国家工作人员受贿罪等），企业应立即向公安机关报案，并配合调查。
  • 内部追责：对参与或纵容不正当入职的内部人员（如招聘负责人、审批领导等），按企业规章制度追究责任，涉嫌犯罪的同样移送司法。

3. 处理过程中的合规要点

• 程序合法：解除劳动合同需履行法定程序，如提前通知工会、出具书面解除通知等，避免因程序瑕疵被认定为违法解除。
• 避免歧视：处理过程中需确保对所有员工一视同仁，避免因性别、年龄、民族等因素导致处理结果被质疑为歧视。
• 保密义务：调查及处理过程中需保护员工隐私，避免信息泄露引发纠纷。

4. 后续预防措施

• 完善招聘流程：加强背景调查、增加面试环节的透明度、建立入职材料审核机制，从源头杜绝不正当入职。
• 强化内部监督：定期审计招聘流程，对关键岗位实行轮岗制，减少权力集中导致的腐败风险。
• 员工培训：开展合规培训，明确不正当入职的法律后果，形成“不敢违、不能违”的企业文化。

若您是涉事企业或员工本人，需进一步结合具体证据和情节分析处理方案，可直接向我咨询，我将根据实际情况提供详细建议。