土地确权的户主被某部门修改，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 修改程序合法性：

   • 如果某部门在修改土地确权的户主时，严格遵循了相关法律法规规定的程序，如进行了充分的调查、取证，听取了相关当事人的意见，并依法进行了公示等，且修改决定有充分的法律依据，那么这一行为通常是合法的。
   • 反之，如果某部门在修改过程中未遵循法定程序，如未进行调查、未听取当事人意见、未依法公示等，或者修改决定缺乏法律依据，那么这一行为就可能是违法的。

2. 修改原因合理性：

   • 修改土地确权的户主通常需要有合理的理由，如原户主死亡、户主变更申请等。如果某部门基于合理且合法的理由进行修改，那么这一行为是合法的。
   • 如果修改原因不合理或非法，如出于个人私利、恶意报复等目的进行修改，那么这一行为就可能是违法的。

3. 对当事人权益的影响：

   • 修改土地确权的户主会直接影响到相关当事人的土地权益。如果修改行为导致当事人的合法权益受到侵害，如土地被非法侵占、使用权被剥夺等，那么这一行为就可能是违法的。
   • 如果修改行为未对当事人的合法权益造成实质性影响，或者当事人对修改行为表示认可或接受，那么这一行为在合法性上可能更易于被接受。

法律建议：

• 如果您认为土地确权的户主被某部门非法修改，首先应当收集相关证据，如修改前后的确权证书、相关部门的通知或决定、与修改行为相关的证人证言等。
• 接着，您可以尝试与相关部门进行沟通，了解修改的具体原因和依据，并表达您的异议和诉求。
• 如果沟通无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益，如向当地的人民法院提起行政诉讼，要求撤销非法的修改决定或确认其无效。

可能法律后果：

• 如果修改行为被认定为违法，相关部门可能需要承担相应的法律责任，如撤销修改决定、恢复原状、赔偿损失等。
• 同时，相关责任人员也可能面临行政处分或刑事责任等法律后果。

总之，土地确权的户主被某部门修改是否违法，需根据修改程序的合法性、修改原因的合理性以及对当事人权益的影响等多个方面进行综合判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。