关于已经生效的水库移民安置款在什么情况下只补偿一部分而拒绝补偿另一部分，这主要取决于具体的法律法规、政策规定以及移民安置协议中的相关条款。以下是一些可能的情况分析：
移民安置协议中的特别约定：
- 如果移民安置协议中明确规定了某些特定情况下只补偿部分款项，例如因移民个人原因导致的部分损失不予补偿，或者协议中规定了分期补偿、条件补偿等条款，那么在这些特定情况下，就可能只补偿一部分款项而拒绝补偿另一部分。
法律法规或政策的变化：
- 在水库移民安置过程中，如果相关的法律法规或政策发生了变化，且这种变化影响了补偿标准或补偿范围，那么根据新的法律法规或政策，可能只对部分款项进行补偿。但这种情况通常较为少见，且需要政府或相关部门出具正式的文件或通知。
移民个人不符合补偿条件：
- 如果移民个人在移民过程中存在违反法律法规、政策规定或移民安置协议的行为，例如未按时搬迁、未按照要求配合移民工作等，那么政府或相关部门可能根据相关规定拒绝补偿部分或全部款项。
补偿款项的分配问题：
- 在某些情况下，补偿款项可能需要根据移民家庭的具体情况进行分配。如果移民家庭内部存在纠纷或争议，导致无法就补偿款项的分配达成一致意见，那么政府或相关部门可能暂时只补偿部分款项，待纠纷解决后再进行剩余款项的补偿。
政府财政或资金问题：
- 虽然这种情况较为特殊，但如果政府因财政困难或资金问题无法一次性支付全部补偿款项，可能会与移民协商分期支付或部分支付。但这种情况通常会有明确的政府文件或通知作为依据。
法律建议：
- 仔细审查移民安置协议：移民应仔细审查与政府或相关部门签订的移民安置协议，了解协议中关于补偿款项的具体规定和条款。
- 咨询相关部门或律师：如果移民对补偿款项有疑问或不满，可以咨询当地政府或相关部门了解具体情况，或者寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
- 保留相关证据：移民应保留好与移民安置相关的所有证据和文件，包括移民安置协议、政府通知、支付凭证等，以便在需要时提供证明。
可能后果：
- 如果移民认为政府或相关部门的补偿行为违反了法律法规、政策规定或移民安置协议，可以通过法律途径提起诉讼或申请仲裁，要求政府或相关部门履行补偿义务或赔偿损失。
- 如果移民在移民过程中存在违法行为或违反移民安置协议的行为，政府或相关部门可能依法拒绝补偿部分或全部款项，并可能追究移民的法律责任。
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