结论：秘密使用他人支付软件赚钱给自己，即使被发现后协商还钱，这一行为仍可能构成犯罪，具体是否构成犯罪需结合行为细节和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、可能构成的犯罪类型
盗窃罪：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃罪是指以非法占有为目的，盗窃公私财物数额较大或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃公私财物的行为。
- 分析：秘密使用他人支付软件，未经允许将他人资金转入自己账户，属于以非法占有为目的，秘密窃取他人财物的行为。如果窃取的金额达到“数额较大”的标准（一般为一千元至三千元以上，具体标准因地区而异），则构成盗窃罪。
诈骗罪（在特定情境下）：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百六十六条，诈骗罪是指以非法占有为目的，用虚构事实或者隐瞒真相的方法，骗取数额较大的公私财物的行为。
- 分析：如果行为人通过欺骗手段（如伪造身份、虚构交易等）使他人误以为支付行为是合法的，从而自愿支付资金，则可能构成诈骗罪。但在此案例中，更侧重于秘密窃取，因此诈骗罪的构成需具体分析行为细节。
二、协商还钱对犯罪构成的影响
- 协商还钱：即使行为人在被发现后与被害人协商还钱，并实际归还了全部或部分资金，这并不影响犯罪的构成。协商还钱可以作为量刑时的考虑情节，如可能减轻处罚，但并不能改变行为本身已经构成犯罪的事实。
三、法律建议
- 立即停止行为：如果尚未构成犯罪或尚未被发现，应立即停止秘密使用他人支付软件的行为，避免进一步违法。
- 主动归还资金：如果已经窃取了他人资金，应主动与被害人联系，归还全部资金，并表达歉意，以减轻可能的法律后果。
- 咨询专业律师：由于此类案件涉及刑事犯罪，建议行为人尽快咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助行为人妥善处理此事。
四、可能的法律后果
- 刑事处罚：如果构成盗窃罪，根据窃取金额的大小和情节的严重程度，行为人可能面临有期徒刑、拘役、管制或罚金等刑事处罚。
- 民事赔偿：除了刑事处罚外，行为人还可能需要承担民事赔偿责任，即赔偿被害人因窃取行为而遭受的损失。
总结：秘密使用他人支付软件赚钱给自己，即使被发现后协商还钱，这一行为仍可能构成犯罪。建议行为人立即停止行为，主动归还资金，并尽快咨询专业律师以了解自己的法律权利和义务。如果有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。