结论：高利转贷罪中，即使实际违法所得已经被抵扣本金，违法所得的计算仍应基于转贷利率与银行贷款利率之间的差额，以及实际转贷的金额和期限来确定，而非仅仅看最终是否抵扣了本金。
分析说明：
违法所得的计算基础：
- 高利转贷罪的违法所得，主要是指行为人通过高利转贷行为所获得的额外利息收入。这种收入是基于转贷利率高于银行贷款利率的差额部分产生的。
- 计算违法所得时，应考虑的是转贷行为本身所产生的利息差额，而不是行为人最终是否实际获得了这笔差额（例如，是否被抵扣了本金或其他费用）。
抵扣本金不影响违法所得的计算：
- 即使行为人将违法所得（即额外利息收入）用于抵扣了本金，这并不改变其违法所得的性质和金额。抵扣行为只是行为人对其违法所得的一种处理方式，不影响违法所得的原始计算。
- 违法所得的计算应独立于行为人的后续处理行为，如抵扣本金、支付其他费用等。
违法所得的具体计算方法：
- 违法所得 = （转贷利率 - 银行贷款利率）× 转贷金额 × 转贷期限
- 这个公式反映了行为人通过高利转贷行为所获得的额外利息收入，是计算违法所得的基础。
特殊场景：
- 如果行为人在转贷过程中，除了利息差额外，还收取了其他费用（如手续费、管理费等），并且这些费用也被认定为违法所得的一部分，那么这些费用也应纳入违法所得的计算中。
- 在实际案件中，法院会根据具体证据和情况，综合判断行为人的违法所得金额。这可能包括审查转贷合同、银行流水、证人证言等证据。
后续行动建议：
- 对于涉及高利转贷罪的案件，行为人应积极配合司法机关的调查和审判工作，如实陈述事实，提供相关证据。
- 如果行为人认为自己的违法所得计算有误或存在其他争议点，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国刑法》第一百七十五条的规定，以转贷牟利为目的，套取金融机构信贷资金高利转贷他人，违法所得数额较大的，构成高利转贷罪。
- 违法所得的计算是认定高利转贷罪和量刑的重要依据之一。因此，准确计算违法所得对于案件的审理和判决具有重要意义。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。