被政府没收的房屋，法院判决的租金通常需根据具体情况进行如下处理：
租金归属政府：
- 如果房屋被政府依法没收，且没收行为在法院判决租金之前已经生效，那么该房屋产生的租金收益在法律上通常应归属于政府。这是因为房屋的所有权或使用权已经转移至政府，政府作为新的权利人，有权收取房屋产生的租金。
租金用于补偿或上缴国库：
- 政府在收取租金后，可能会根据相关法律法规或政策规定，将租金用于补偿因没收房屋而给相关方造成的损失，或者将租金上缴国库作为财政收入。具体用途需根据当地法律法规和政策来确定。
法院判决的特殊情况：
- 如果法院在判决中明确指定了租金的归属或用途，那么应严格按照法院的判决来执行。例如，法院可能判决租金用于支付特定债权人的债务，或者用于其他特定目的。
涉及多方权益时的处理：
- 如果房屋被没收前存在租赁关系，且租赁合同尚未到期，那么租金的归属可能涉及原房东、租客和政府三方权益。在这种情况下，政府可能需要与租客协商解决租金问题，或者根据法律法规和政策规定来处理。如果租客已经支付了租金给原房东，而房屋随后被政府没收，那么租客可能有权向政府主张其已支付的租金权益，或者要求政府提供相应的租赁保障。
在处理此类问题时，建议采取以下步骤：
- 查阅相关法律法规：了解当地关于房屋没收、租金归属和使用的法律法规，确保处理过程合法合规。
- 咨询专业律师：虽然这里我能够提供一定的法律指导，但具体案件的处理往往需要更详细的分析和专业的法律意见。因此，建议咨询专业律师以获取更准确的法律建议。
- 与政府相关部门沟通：了解政府对于没收房屋租金的具体处理政策和流程，以便更好地维护自身权益。
在处理被政府没收的房屋的租金问题时，应综合考虑法律法规、政策规定以及各方权益，确保处理过程合法、公正、合理。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。