在民事诉讼案件中，对于一方当事人提出的协议证据，法院不会直接认定该协议的效力，而是会进行一系列的审查和判断。以下是对此问题的详细解答：
一、法院对协议证据的审查原则
真实性审查：
- 法院首先会审查协议证据的真实性，包括协议的形成过程、签署情况、是否经过公证或第三方见证等，以确认协议是否真实存在且未被篡改。
合法性审查：
- 法院会审查协议的内容是否违反法律、行政法规的强制性规定，是否违背公序良俗，以及协议的签订是否基于双方真实意思表示，是否存在欺诈、胁迫等情形。
关联性审查：
- 法院还会审查协议证据与案件事实之间的关联性，即协议是否直接涉及案件争议焦点，能否作为认定案件事实的依据。
二、法院认定协议效力的具体情形
协议有效：
- 如果协议证据真实、合法且与案件事实具有关联性，且协议内容明确、具体，不存在歧义或模糊之处，法院通常会认定该协议有效，并依据协议内容作出判决。
协议无效：
- 如果协议证据存在虚假、违法或违背公序良俗等情形，或者协议签订时存在欺诈、胁迫等导致协议无效的情形，法院会认定该协议无效，并依据相关法律规定作出判决。
协议可撤销或变更：
- 在某些情况下，即使协议本身不存在无效情形，但如果存在重大误解、显失公平等可撤销或变更的情形，法院也可能根据当事人的请求对协议进行撤销或变更。
三、法院认定协议效力的程序
举证质证：
- 在诉讼过程中，当事人需要提交协议证据，并接受对方的质证。法院会组织双方对协议证据进行举证、质证，以确认协议的真实性和合法性。
法庭调查：
- 法院可能会根据案件需要，对协议的形成过程、签署情况等进行调查，以进一步确认协议的真实性和合法性。
法庭辩论：
- 在法庭辩论阶段，双方可以就协议的效力问题发表意见，法院会听取双方的辩论意见，并结合案件事实和法律规定作出判断。
四、特殊情况下的处理
- 如果协议涉及复杂的法律问题或专业领域，法院可能会委托专业机构进行鉴定或评估，以辅助法院对协议效力的认定。
- 在某些情况下，法院也可能根据当事人的申请或依职权，对协议进行先行确认或调解，以简化诉讼程序、提高诉讼效率。
总结与建议：
在民事诉讼案件中，对于一方当事人提出的协议证据，法院不会直接认定其效力，而是会进行一系列的审查和判断。因此，当事人在提交协议证据时，应确保协议的真实性、合法性和关联性，并准备好充分的证据支持自己的主张。如果对协议的效力存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律解答。