当劳动关系案件仲裁不予受理时，您不必过于担心，因为仍有多种途径可以维护自己的合法权益。以下是根据相关法律和实务经验，为您提供的详细指导：
一、明确不予受理原因
首先，您需要仔细查看劳动仲裁机构出具的不予受理通知书，该通知书会明确指出不予受理的具体原因。常见的原因包括：
- 材料不齐备或存在瑕疵：如申请书格式不符合要求、证据材料不完整等。
- 超过仲裁申请时效：劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 不属于劳动争议仲裁受案范围：如劳务关系纠纷、社会保险费征缴问题等。
- 仲裁委员会无管辖权：如申请提交至了无地域或级别管辖权的仲裁委员会。
- 申请人不具有主体资格：如非劳动者本人或未获得合法授权的代理人提出申请。
二、针对不同原因的应对措施
材料不齐备或存在瑕疵：
- 应对措施：按照仲裁委的要求，在规定时间内补充或更正相关材料，并再次向劳动仲裁委员会提出仲裁申请。例如，如果申请书格式不符合要求，就按照规定的格式重新撰写并提交。
超过仲裁申请时效：
- 应对措施：虽然仲裁时效通常为一年，但若确实超过且不存在中断、中止情形，您可以尝试与用人单位协商解决。协商不成时，仍可以向人民法院提起诉讼，但需注意用人单位可能会以超过仲裁时效进行抗辩。此时，您需要收集并提交相关证据，证明存在时效中断、中止的法定事由，如向有关部门请求权利救济、与用人单位进行协商等。
不属于劳动争议仲裁受案范围：
- 应对措施：
- 若属于其他部门管辖，如社会保险费征缴问题，应向相应主管部门（如社保局）反映情况，请求其进行监督检查和处理。
- 若认为仲裁委错误认定不属于受案范围，可以在收到不予受理通知书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，由法院进行全面审查。例如，如果争议实际上属于劳动争议范畴，但仲裁委却以不属于受案范围为由不予受理，您就可以通过诉讼途径来维护自己的权益。
仲裁委员会无管辖权：
- 应对措施：确认劳动争议仲裁委员会的地域和级别管辖范围，将申请提交至有管辖权的仲裁委员会。例如，如果争议发生在A地，但您却向B地的仲裁委员会提交了申请，且B地仲裁委员会无管辖权，那么您就需要重新向A地的仲裁委员会提交申请。
申请人不具有主体资格：
- 应对措施：确认自己是否具有提起劳动仲裁的主体资格。如不具备，应寻找合适的申请人或代表进行申请。例如，如果是非劳动者本人提出申请，且未获得合法授权，那么就需要获得劳动者的合法授权后才能再次提出申请。
三、向法院提起诉讼的准备与流程
如果劳动仲裁不予受理，且您认为自己的权益确实受到了侵害，那么可以向人民法院提起诉讼。以下是提起诉讼的准备与流程：
- 准备诉讼材料：包括起诉状、身份证明、证据材料等。起诉状需详细说明诉讼请求、事实和理由；证据材料应围绕诉求进行收集和整理，如劳动合同、工资单、工作证等。
- 确定管辖法院：通常向劳动合同履行地或用人单位所在地的基层人民法院提起诉讼。例如，如果劳动合同在A地履行，且用人单位也在A地，那么您就需要向A地的基层人民法院提起诉讼。
- 遵循法院程序：按照法院的要求和指引完成立案等相关诉讼程序。在诉讼过程中，您需要积极配合法院的调查和审理工作，提交相关证据材料，并参加庭审等活动。
四、其他解决争议的途径
除了上述途径外，您还可以考虑以下方式来解决劳动争议：
- 寻求工会等组织帮助：工会等组织在协调劳动关系方面具有经验和资源，可以向他们寻求协助。例如，工会可以组织双方进行协商或调解，帮助达成和解协议或调解协议。
- 协商与调解：尝试与用人单位协商，或请求第三方调解组织（如人民调解委员会）进行调解，以达成双方都能接受的解决方案。协商和调解具有灵活性和高效性，可以快速解决争议并维护双方的关系。
五、申请法律援助
如果您因经济困难或其他原因难以自行处理劳动纠纷，可以向法律援助机构申请援助。法律援助律师将提供专业的法律帮助，包括分析案情、准备材料、参与诉讼等，以更好地维护您的合法权益。
结论：劳动仲裁不予受理并不意味着您的权益无法得到保护。根据不予受理的具体原因，您可以采取相应的措施来维护自己的合法权益。无论是通过补正材料再次申请仲裁、向法院提起诉讼、寻求其他途径的帮助还是申请法律援助，都有助于您解决劳动纠纷并维护自身权益。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。