顾客发现菜品有问题，根据《消费者权益保护法》及相关规定，可按以下步骤处理：

1. 立即与商家沟通协商
   发现菜品存在质量问题（如变质、异物、过期等）时，应第一时间向商家提出异议，要求退换、减免费用或赔偿。根据《消费者权益保护法》第二十四条，商家有义务为消费者提供符合质量要求的商品或服务，若存在问题应承担退货、更换等责任。
   建议：保留好消费凭证（如小票、发票）及菜品问题的证据（如照片、视频），以便后续维权。

2. 向市场监管部门投诉
   若协商无果，可向当地市场监督管理部门（如12315平台）投诉，要求介入调查。根据《食品安全法》第一百四十八条，若菜品问题涉及食品安全（如食物中毒、过期食品），消费者除要求赔偿损失外，还可主张价款十倍或损失三倍的赔偿金（最低1000元）。
   注意：投诉时需提供商家名称、地址、问题描述及证据，监管部门将依法处理并反馈结果。

3. 通过法律途径维权
   若问题严重（如造成人身伤害）或商家拒不配合，可向法院提起民事诉讼，要求赔偿医疗费、误工费等实际损失。根据《民法典》第一千一百六十五条，商家因过错侵害他人民事权益的，应承担侵权责任。
   提示：诉讼前可咨询律师整理证据链（如医疗记录、鉴定报告），以提高胜诉率。

特殊情形处理：

• 若商家以“已明示菜品瑕疵”为由抗辩（如标注“售出不退”），此类条款可能因违反《消费者权益保护法》第二十六条（排除消费者权利）而被认定无效。
  
• 若涉及群体性事件（如多人食用后不适），可向疾控中心报告并申请流行病学调查，同时联合其他受害者共同维权。

总结：优先协商解决，保留证据是关键；协商不成及时投诉，食品安全问题可主张高额赔偿；严重侵权时果断起诉。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。