甲方使用假公司签订付款协议，该协议一般是无效的。下面我将从多个角度为你详细分析：
法律背景与规定
合同生效要件：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一个合同要生效，必须满足几个基本条件，包括当事人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定，以及不违背公序良俗。如果甲方使用假公司签订合同，这很可能涉及到欺诈行为，导致合同的意思表示不真实。
欺诈行为的法律后果：如果一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。这意味着，如果乙方能够证明甲方使用了假公司进行欺诈，乙方可以要求撤销该合同。
实际情况分析
假公司的法律地位：假公司，即未经合法注册或冒用他人名义注册的公司，在法律上是不被认可的。使用假公司签订合同，实际上是在冒用他人名义或虚构主体进行民事活动，这是违法的。
合同效力的认定：在司法实践中，如果一方使用假公司签订合同，法院通常会认定该合同无效或可撤销。因为这样的合同缺乏合法的主体资格，且可能涉及欺诈等违法行为。
法律建议与后果
对乙方的建议：如果你作为乙方，发现甲方使用了假公司签订付款协议，你应该立即收集证据，包括合同文本、付款记录、沟通记录等，以证明甲方的欺诈行为。然后，你可以向法院提起诉讼，要求撤销该合同或确认其无效，并追究甲方的法律责任。
对甲方的法律后果：如果甲方被证实使用了假公司签订合同，除了可能面临合同被撤销或确认无效的法律后果外，还可能承担欺诈等违法行为的法律责任，包括罚款、赔偿损失等。
举例说明：假设甲方冒用了一家已经注销的公司的名义与乙方签订了一份付款协议，约定乙方先付款后发货。乙方付款后，甲方却迟迟不发货。乙方发现甲方使用的是假公司后，向法院提起诉讼。法院经审理认为，甲方使用假公司签订合同构成欺诈，判决撤销该合同，并要求甲方返还乙方已支付的款项并赔偿损失。
综上所述，甲方使用假公司签订付款协议是违法的，该协议一般是无效的。如果你遇到类似情况，建议立即收集证据并向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。