关于“本公司给别的公司开服务费发票，合同在甲方还是乙方”的问题，首先明确结论：合同通常应在乙方（即服务提供方）手中，因为乙方是实际提供服务并开具发票的一方。不过，具体还需根据合同的实际签订和履行情况来详细分析。
一、合同的基本原则与发票开具
合同原则：
- 合同是双方意思表示一致的协议，明确了双方的权利和义务。在服务合同中，乙方作为服务提供方，有义务按照合同约定提供服务，并有权获得相应的服务费用。
- 甲方作为服务接受方，有义务支付服务费用，并有权获得乙方开具的合法发票。
发票开具：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》，发票应当如实开具，反映实际经营业务情况。因此，乙方作为服务提供方，应当向甲方开具服务费发票。
- 发票的开具是合同履行的一部分，也是乙方履行其义务的重要证明。
二、合同存放与发票开具的关系
合同存放：
- 合同通常由双方各执一份，以作为双方权利和义务的凭证。因此，合同既可能在甲方手中，也可能在乙方手中，或者双方都各有一份。
- 无论合同存放在哪一方，都不影响乙方作为服务提供方开具发票的义务。
发票开具与合同存放的独立性：
- 发票的开具是基于实际提供的服务，而不是基于合同的存放位置。因此，即使合同存放在甲方手中，乙方仍然需要按照合同约定和法律规定向甲方开具发票。
三、特殊情况下的考虑
委托代理关系：
- 如果乙方委托第三方（如丙方）提供服务，并由丙方直接向甲方开具发票，这种情况需要明确的委托代理关系作为支撑，且合同中应有相关条款进行约定。
- 在这种情况下，虽然发票由丙方开具，但乙方仍然是合同的一方，需要承担相应的合同责任。不过，从发票开具的角度来看，这种安排可能涉及虚开发票的风险，需要谨慎处理。
税收政策与合规性：
- 某些特定的税收优惠政策或特殊规定可能允许第三方开具发票，但需依据具体政策并满足相应条件。
- 在任何情况下，都应确保发票的开具符合当地法律法规和税收政策的要求，以避免潜在的法律风险和税务问题。
四、建议与注意事项
确保合同条款明确：
- 在签订合同时，应明确约定服务内容、费用、发票开具等条款，以避免后续的法律纠纷。
遵守法律法规：
- 在开具和接收发票时，应严格遵守《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规的规定。
咨询专业人士：
- 如果对合同签订、发票开具等法律问题存在疑问或不确定之处，建议及时向我咨询，以确保操作的合法性和合规性。
综上所述，合同通常应在乙方手中，因为乙方是实际提供服务并开具发票的一方。不过，具体还需根据合同的实际签订和履行情况来详细分析。在任何情况下，都应确保合同的签订和发票的开具符合法律法规的要求。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。