结论：扰乱机关单位秩序罪并非一个独立的罪名，在司法实践中，与之相近的可能是扰乱国家机关工作秩序罪，它与妨害公务罪在定义、犯罪客体、行为方式、主观故意及刑罚等方面均存在显著区别。以下是对两者的详细比较与分析：
一、定义与构成要件
扰乱国家机关工作秩序罪：
- 定义：根据《中华人民共和国刑法》第二百九十条的规定，聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研、医疗无法进行，造成严重损失的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。若该行为针对的是国家机关，且严重扰乱了国家机关的工作秩序，则可能构成此罪（尽管法律条文未直接提及“扰乱国家机关工作秩序罪”，但根据扰乱社会秩序罪的构成要件及司法实践，可作此理解）。
- 构成要件：包括聚众、扰乱社会秩序（或国家机关工作秩序）、情节严重、造成严重损失等。
妨害公务罪：
- 定义：指以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的行为。
- 构成要件：包括使用暴力或威胁方法、阻碍国家机关工作人员依法执行职务等。
二、犯罪客体与对象
扰乱国家机关工作秩序罪：
- 犯罪客体：主要侵犯的是国家机关的正常工作秩序，即国家机关依法履行职责、管理社会事务的秩序。
- 犯罪对象：是国家机关及其工作人员，但更侧重于对机关整体工作秩序的扰乱。
妨害公务罪：
- 犯罪客体：侵犯的是国家机关工作人员依法执行职务的活动，即国家机关的公务活动。
- 犯罪对象：是依法正在执行职务或履行职责的国家机关工作人员，包括各级政府部门、司法机关工作人员等。
三、行为方式与特点
扰乱国家机关工作秩序罪：
- 行为方式：通常表现为聚众哄闹、冲击国家机关，或者以其他方式严重扰乱国家机关的正常工作秩序。
- 特点：行为往往具有群体性、公开性和持续性，对国家机关的工作造成严重影响。
妨害公务罪：
- 行为方式：主要以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务，如殴打、推搡、威胁等。
- 特点：行为通常针对具体的执行职务行为，且往往具有即时性和对抗性。
四、主观故意内容
扰乱国家机关工作秩序罪：
- 主观故意：行为人明知自己的行为会扰乱国家机关的工作秩序，仍然希望或者放任这种结果的发生。其动机可能多种多样，如发泄不满、企图影响国家机关的决策等。
妨害公务罪：
- 主观故意：行为人必须明知对方是正在依法执行职务的国家机关工作人员，而故意以暴力、威胁方法阻碍其执行职务。如果不知对方在执行职务或认为其执法不合法而反抗，一般不构成此罪。
五、刑罚规定
扰乱国家机关工作秩序罪：
- 刑罚：根据《刑法》第二百九十条的规定，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
妨害公务罪：
- 刑罚：根据《刑法》第二百七十七条的规定，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。若使用暴力、威胁方法袭击正在依法执行职务的人民警察，则从重处罚。
法律建议：在实际应用中，应根据具体案件情况，从多个维度综合考量，确保准确区分扰乱国家机关工作秩序罪与妨害公务罪。若您面临相关法律问题，如被指控扰乱国家机关工作秩序或妨害公务，建议及时向我咨询，以便根据您的具体情况提供专业的法律意见和辩护策略。