主管单位可以和投资的企业合作，但需满足一定条件并遵循相关法律法规。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律框架与合规性：

   • 主管单位作为行政机关或具有管理职能的机构，其与企业合作需严格遵守《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，确保合作行为合法合规。
   • 合作过程中，主管单位应避免利用其行政权力或管理优势地位，为企业谋取不正当利益，或损害其他市场主体的合法权益，以维护公平竞争的市场环境。

2. 合作形式与内容：

   • 主管单位与投资企业的合作可以采取多种形式，如共同投资设立新公司、签订合作协议开展特定项目等。无论何种形式，都应明确双方的权利义务，确保合作内容合法、明确、可行。
   • 合作内容应符合主管单位的职能范围和政策导向，不得超越其管理权限或违反相关政策规定。例如，主管单位不得利用合作机会，将本应由政府承担的公共服务职能转嫁给企业。

3. 利益冲突与回避：

   • 主管单位在与企业合作时，应特别注意避免利益冲突。如果主管单位的工作人员或其近亲属在合作企业中有利益关联，应按照相关规定进行回避，以防止利益输送和腐败行为的发生。
   • 主管单位应建立健全内部监督机制，对合作过程进行全程监督，确保合作行为的公正性和透明度。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在合作前，主管单位应对合作企业的资质、信誉、经营状况等进行全面调查，确保合作对象可靠、有能力履行合作义务。
   • 合作协议应明确约定合作期限、合作方式、利益分配、风险承担等关键条款，以减少合作过程中的纠纷和风险。
   • 主管单位应定期对合作项目进行评估和审计，确保合作项目按照约定进行，并及时发现和解决合作过程中出现的问题。

法律后果与风险提示：

• 如果主管单位在与企业合作过程中违反相关法律法规或政策规定，可能会面临行政处罚、法律诉讼等风险，甚至可能损害主管单位的声誉和公信力。
• 因此，主管单位在与企业合作时，应谨慎行事，确保合作行为的合法性和合规性。如有需要，可以寻求专业法律人士的帮助，以降低合作风险。

综上所述，主管单位可以和投资的企业合作，但需满足一定条件并遵循相关法律法规。在实际操作中，主管单位应特别注意合规性、利益冲突与回避以及实际操作中的注意事项等方面的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。