在处理夫妻婚姻存续期间共同投资的款项在起诉离婚时的分割问题时，我们需要综合考虑多个法律因素和实际情况，以确保分割方案的公平合理。以下是对这一问题的详细解答：
一、确定共同投资财产的范围
首先，我们需要明确哪些投资属于夫妻共同财产。这通常包括婚后以共同财产投入到公司、企业、商铺等经营项目中的资金，以及共同购买的股票、基金、债券等金融资产。关键在于判断投资资金来源是否为夫妻共同财产，以及投资行为是否涉及双方共同参与。若某项投资为一方婚前个人财产单独投入且未与共同财产混同，则通常不属于共同投资财产。
二、分割原则与方法
协商分割：
- 夫妻双方应首先尝试通过协商达成一致意见，自行约定投资资产、收益及负债的分配方式。这种方式灵活且能够体现双方的意愿，有助于减少矛盾和冲突。
- 协商结果应以书面形式记录，并签订离婚财产分割协议，以确保双方权益得到法律保障。
法院裁决：
- 若协商不成，可向法院提起诉讼，由法院根据相关法律法规和实际情况进行判决。
- 法院在判决时会考虑以下因素：
- 均等分割原则：在无特殊情况时，法院倾向于将共同投资财产平均分割。
- 照顾子女、女方和无过错方权益原则：法院会考虑家庭付出、过错情况等因素，适当照顾特定方利益，如子女抚养、女方经济状况或无过错方的损失等。
- 财产实际情况：法院会分析投资财产的性质、来源、经营管理状况及增值情况等，进行综合分割，以确保分割方案的合理性。
- 便于执行原则：法院会确保分割方案具有实际可操作性和便于执行性，如房产归一方所有并给予另一方补偿款等，以减少执行过程中的困难和纠纷。
三、不同类型投资的具体分割方式
公司股权：
- 若夫妻双方均为股东，可协商直接分割股权比例或调整股权结构。
- 若一方为股东，则需遵循相关法律规定，如通过协商一致转让、其他股东行使优先购买权或视为同意转让等方式处理。
合伙企业财产份额：
- 若一方为合伙人，需经其他合伙人一致同意后方可成为合伙人；否则，需按转让、优先购买权或退伙等方式分割财产份额。
个人独资企业：
- 以一方名义投资设立的个人独资企业，其财产也应视为夫妻共同财产进行分割。具体方式需结合企业经营状况及双方贡献等因素确定，如通过评估企业价值后进行分割或一方买断另一方份额等。
四、特别注意事项
投资债务的处理：
- 在分割共同投资财产时，应一并考虑投资所产生的债务承担问题。确保分割方案全面且公平，避免一方承担过多债务而另一方逃避责任。
证据的收集与保留：
- 在处理共同投资分割问题时，双方应积极收集并保留相关证据，如投资凭证、财产价值评估报告、公司章程及合伙协议等。这些证据在协商或诉讼过程中至关重要，有助于维护自身权益。
法律咨询与专业协助：
- 由于共同投资分割问题涉及复杂的法律关系和财产权益，建议双方在处理过程中咨询专业律师或法律机构，以获取准确的法律意见和专业的协助。
综上所述，夫妻婚姻存续期间共同投资的款项在起诉离婚时的分割是一个复杂而细致的过程。通过明确共同投资范围、遵循分割原则与方法、考虑不同类型投资的具体分割方式以及注意特别事项，我们可以确保分割方案的公平合理和有效执行。