结论前置：针对“股权全部质押没通过股东会怎么办”这一问题，核心在于理解股权质押的决策程序以及未通过股东会时的法律后果和应对措施。以下从多个角度进行分析：
一、股权质押的决策程序
公司章程规定：
- 根据《公司法》及相关规定，股权质押的决策程序首先应遵循公司章程的规定。如果公司章程明确规定了股权质押需要股东会决议，并且设定了相应的表决权比例要求，那么未通过股东会决议的股权质押行为在程序上可能存在瑕疵。
股东会决议的必要性：
- 并非所有股权质押都需要股东会决议。如果公司章程未作特别规定，或者规定股权质押由董事会或其他机构决定，那么未通过股东会决议并不影响股权质押的效力。但在此情况下，仍需确保质押行为符合公司章程和其他内部规定。
二、未通过股东会时的法律后果
质押行为效力待定：
- 如果公司章程明确规定股权质押需经股东会决议，而实际未通过，那么该质押行为在程序上可能存在瑕疵，其效力可能处于待定状态。此时，需要公司内部进一步协商或通过法律途径解决。
可能面临的法律风险：
- 对于质押权人而言，如果质押行为因未通过股东会决议而被认定无效，其可能面临无法行使质押权的风险。对于出质人（即股东）而言，如果质押行为被认定无效，其可能需要承担违约责任或赔偿损失。
三、应对措施
协商解决：
- 首先，建议出质人与公司、其他股东以及质押权人进行协商，寻求达成一致意见。通过协商，可以修改公司章程、补充股东会决议或采取其他补救措施，以使质押行为合法有效。
法律途径：
- 如果协商无果，出质人或质押权人可以考虑通过法律途径解决。例如，可以向法院提起诉讼，请求确认质押行为的效力或要求公司、其他股东承担相应的法律责任。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明质押行为的合法性以及未通过股东会决议的原因和影响。
完善内部治理：
- 从长远来看，公司应完善内部治理结构，明确股权质押的决策程序和其他相关规定。通过制定或修改公司章程、建立健全内部管理制度等方式，确保股权质押行为的合法性和有效性，降低法律风险。
四、特殊情况考虑
- 如果股东会决议存在瑕疵：
- 即使股东会作出了决议，但如果决议程序存在瑕疵（如未通知部分股东参加会议、决议内容违反公司章程等），该决议也可能被认定无效或可撤销。此时，出质人或质押权人同样需要关注决议的合法性，并采取相应的法律措施。
进一步思考与行动建议：在处理股权质押未通过股东会的问题时，建议出质人、质押权人以及公司都保持谨慎态度，充分了解相关法律法规和公司章程的规定。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议和解决方案。