劳动者被辞退时，经济补偿的计算标准是按照应发工资来计算，而非实发工资。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与规定
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：进一步明确规定，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
二、应发工资与实发工资的区别
应发工资：指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。它是计算经济补偿的法定基数。
实发工资：是劳动者实际到手的工资，即应发工资扣除个人缴纳的社保、公积金、个人所得税等费用后的金额。它并不用于计算经济补偿。
三、为何以应发工资为计算基数
体现劳动价值：应发工资更全面地反映了劳动者在正常工作时间内的劳动价值，包括基本工资、奖金、津贴等各项收入。
保障劳动者权益：以应发工资为计算基数，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障，避免因扣除各项费用而导致补偿金额减少。
法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》明确规定了经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算。
四、特殊情况下的处理
高收入限制：如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高支付年限不超过十二年。
违法辞退的赔偿：用人单位若违法辞退员工，需依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。这里的计算标准同样以应发工资为基础来确定经济补偿标准，进而确定赔偿金额。
最低工资标准：如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。
五、操作建议
对于用人单位：应严格遵守《劳动合同法》及相关法规的规定，确保在经济补偿问题上合法合规。同时，建议在劳动合同中明确约定经济补偿的计算方式，以避免潜在的纠纷。
对于劳动者：在面临被辞退的情况时，应了解自己的权益和应得的补偿标准。如果劳动合同中没有明确约定，应积极主张按照应发工资来计算经济补偿，以维护自己的合法权益。
综上所述，劳动者被辞退时的经济补偿计算标准是一个重要的问题，应按照应发工资进行计算。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。