关于辞退员工补偿标准是基于应发工资还是实发工资的问题，这是一个涉及劳动者权益的重要法律问题，下面我将为您详细解答。

首先，明确结论：辞退员工的补偿标准，在计算经济补偿金时，是基于应发工资而非实发工资。

接下来，详细解释法律依据与计算基数：

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿是按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付的。这里的“月工资”，指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。而关于这个“月工资”的具体计算，根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条，它是按照劳动者应得工资来计算的，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入，即我们通常所说的应发工资。

再来看应发工资与实发工资的区别：

• 应发工资：这是劳动者在正常工作期间，按照劳动合同约定应获得的全部工资收入，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等税前收入。它是计算经济补偿金的法定基数。

• 实发工资：这是劳动者在扣除社保、公积金个人部分以及个人所得税等后，实际到手的工资金额。它并不作为计算经济补偿金的基数。

特殊情况说明：

• 如果劳动者的月工资高于当地职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照职工月平均工资三倍的数额来支付，并且补偿的年限最高不超过十二年。

• 如果用人单位违反法律规定解除劳动合同，那么除了需要支付上述的经济补偿金外，还需要按照经济补偿标准的两倍向劳动者支付赔偿金。

最后，给您一个实际操作的建议：

为了避免后续纠纷，用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用）。同时，也建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式，以维护双方的合法权益。

综上所述，辞退员工的补偿标准在计算经济补偿金时，是基于应发工资而非实发工资。这是为了全面、真实地反映劳动者的劳动价值和收入水平，保障劳动者的合法权益。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。