结论：在行政处罚案件中，对假药品扣押超过期限最终予以没收，不一定属于乱查封，需结合具体情况判断。以下从多个角度进行分析：

1. 查封、扣押的期限规定

根据《中华人民共和国行政强制法》第二十五条的规定，查封、扣押的期限不得超过三十日；情况复杂的，经行政机关负责人批准，可以延长，但是延长期限不得超过三十日。法律、行政法规另有规定的除外。因此，如果扣押期限超过了法定最长时限（一般为六十日，除非法律、行政法规另有规定），则属于程序违法。

2. 超期扣押与没收的关系

• 超期扣押的违法性：如果行政机关在扣押期限届满后未依法解除扣押或作出处理决定，而是继续扣押假药品，这一行为本身构成程序违法。
• 没收的合法性：没收假药品属于行政处罚的一种，需依据《中华人民共和国药品管理法》等相关法律法规作出。如果没收决定本身符合实体法规定（如假药品确实存在且应被没收），但扣押程序违法，则需区分程序违法与实体合法的界限。

3. 是否构成“乱查封”

“乱查封”通常指行政机关滥用职权、违反法定程序或无正当理由实施的查封、扣押行为。判断是否构成“乱查封”，需考虑以下因素：

• 程序合法性：扣押是否超过法定期限，是否依法延长或解除。
• 实体合法性：没收决定是否有法律依据，是否符合法定条件。
• 目的正当性：行政机关的行为是否出于合法目的，是否存在滥用职权或谋取私利。

若扣押超期且无正当理由，即使没收决定合法，也可能因程序违法而被认定为“乱查封”；反之，若扣押超期但因客观原因（如案件复杂需进一步调查）且行政机关已依法履行延长程序，则不一定构成“乱查封”。

4. 法律后果与救济途径

• 行政相对人的权利：若认为行政机关的行为违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求确认扣押行为违法、撤销没收决定或赔偿损失。
• 行政机关的责任：若扣押超期且程序违法，行政机关可能面临确认违法、撤销具体行政行为等法律后果；相关责任人员还可能被追究行政责任。

5. 实务建议

• 对行政相对人：若遇到扣押超期情况，应及时向行政机关提出异议，要求解除扣押或作出处理决定；若行政机关未依法处理，可依法申请救济。
• 对行政机关：应严格遵守法定程序，在扣押期限届满前作出处理决定；确需延长的，应依法履行批准程序并告知相对人。

总结：扣押假药品超过期限最终予以没收是否属于“乱查封”，需结合扣押程序的合法性、没收决定的实体合法性以及行政机关的目的正当性综合判断。若您遇到类似情况，可直接向我咨询具体法律问题，我将为您提供专业分析。