若男方在监狱，女方起诉离婚，孩子的抚养权判决主要依据最有利于未成年子女的原则，同时结合父母双方的抚养能力和条件进行综合判断。具体分析如下：

1. 子女年龄因素：

   • 两周岁以下：原则上归女方抚养，因为此时子女更需要母亲的哺乳和照顾。
   • 两周岁至八周岁：法院会综合考虑双方的经济条件、生活环境、教育背景等因素，以最有利于子女成长为原则进行判决。若男方在监狱，显然无法直接抚养子女，这将成为女方争取抚养权的有利因素。
   • 八周岁以上：法院会尊重子女的真实意愿，询问子女愿意与哪一方生活。若子女明确表示愿意与女方生活，且女方具备抚养条件，法院通常会支持子女的意愿。

2. 父母抚养能力和条件：

   • 经济能力：法院会考虑双方的经济状况，包括收入、财产等，以确保子女的生活水平不受影响。若女方经济条件较好，能够提供稳定的生活和教育环境，将有利于其争取抚养权。
   • 生活环境：法院会评估双方的生活环境，包括居住条件、社区环境等，以判断哪一方更适合子女成长。若女方能够提供安全、健康、有利于子女成长的生活环境，将增加其获得抚养权的可能性。
   • 教育背景：法院也会考虑双方的教育背景，包括学历、教育理念等，以判断哪一方更能为子女提供良好的教育。若女方具备较高的教育水平和先进的教育理念，将有利于其争取抚养权。

3. 男方在监狱的特殊情况：

   • 男方因服刑无法直接抚养子女，这是法院判决抚养权时需要考虑的重要因素。法院会倾向于将子女判给能够直接抚养并为其提供良好成长环境的一方。
   • 若男方在服刑期间表现良好，有悔改表现，且出狱后有能力并愿意抚养子女，法院在判决时也会予以考虑。但这种情况相对较少，且需要男方提供充分的证据证明其具备抚养能力和条件。

4. 其他因素：

   • 法院还会考虑双方与子女的感情联系、子女的生活习惯等因素。若女方与子女感情深厚，且子女已经适应了女方的生活环境，法院在判决时会倾向于维持这种稳定的关系。
   • 若双方存在其他子女，法院也会考虑子女之间的感情联系和成长需要，以判断哪一方更适合抚养所有子女。