市级客运单位发生事故导致六人以上死亡，属于重大生产安全责任事故，需承担行政、民事及刑事责任，具体处理方式如下：

1. 行政责任层面

   • 应急管理部门介入：根据《生产安全事故报告和调查处理条例》，事故发生后需立即上报至市级政府，由其成立专项调查组（通常包含应急管理、交通、公安等部门），在60日内完成事故调查报告（特殊情况可延长）。
     
   • 行政处罚：若客运单位存在超载、车辆未年检、驾驶员资质不符等违规行为，将面临罚款（上限可达2000万元）、停业整顿、吊销经营许可等处罚；直接负责的主管人员和其他责任人可能被处上一年年收入60%-100%的罚款。
     
   • 整改要求：调查组会提出整改措施，客运单位需在规定期限内完成并提交验收，否则可能面临更严厉的处罚。

2. 民事赔偿层面

   • 赔偿义务主体：客运单位作为承运人，需对乘客死亡承担无过错赔偿责任（依据《民法典》第823条），赔偿范围包括死亡赔偿金、丧葬费、被扶养人生活费等（以当地上年度人均可支配收入为基准计算）。
     
   • 保险理赔：若单位投保了交强险、第三者责任险或承运人责任险，保险公司需在保额范围内先行赔付，不足部分由单位补足。
     
   • 诉讼程序：死者家属可单独或集体提起民事诉讼，法院将根据责任认定和损失证据判决赔偿金额，单位若拒不执行可能被强制执行或列入失信名单。

3. 刑事责任层面

   • 重大责任事故罪：若事故因单位安全管理漏洞（如未建立安全制度、未组织安全培训等）导致，直接负责的主管人员和其他责任人可能被追究该罪（依据《刑法》第134条），处3年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的（如多次违规、隐瞒事故等），处3-7年有期徒刑。
     
   • 其他罪名：若存在故意隐瞒事故、伪造证据等行为，可能涉嫌不报、谎报安全事故罪（处3-7年有期徒刑）；若车辆存在重大缺陷且单位明知未整改，可能构成生产、销售不符合安全标准的产品罪的共犯。

补充说明：

• 事故调查期间，客运单位的车辆、账目等可能被查封，相关人员需配合调查，否则可能被采取强制措施。
  
• 若单位为国有企业，除上述责任外，分管领导还可能面临党纪处分（如警告、撤职等）。
  
• 建议单位在事故发生后立即启动应急预案，保护现场、救治伤员、配合调查，并委托律师介入处理赔偿和刑事辩护，以降低法律风险。
  

如有进一步细节（如事故具体原因、单位性质等），可向我补充说明，我会为您分析更具体的责任划分和应对策略。