结论：公司诈骗员工被判缓刑两年，是会有案底的。
分析说明：
缓刑的定义与性质：
- 缓刑是对原判刑罚附条件不执行的一种刑罚制度。在缓刑考验期内，如果没有违反相关规定，原判刑罚就不再执行。但这并不意味着犯罪记录被消除。
案底的概念：
- 案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被法院判决后，所留下的法律记录。这种记录是永久性的，不会因为缓刑的执行而消除。
缓刑与案底的关系：
- 即使员工被判缓刑，也意味着其已经因犯罪行为被法院判决有罪。因此，该员工将留下犯罪记录，即案底。这一记录将对其未来的就业、社会评价等方面产生一定影响。
法律后果：
- 留下案底后，员工在未来的求职过程中可能会受到一定限制，特别是当用人单位对员工的犯罪记录有明确要求时。此外，案底还可能影响员工的信用评级、社会声誉等。
特殊场景考量：
- 对于某些特定行业或职位，如公务员、教师、律师等，对员工的犯罪记录有更为严格的要求。在这些情况下，即使员工被判缓刑，也可能因为案底的存在而无法从事相关职业。
建议与行动：
- 如果员工因公司诈骗行为被判缓刑，并担心案底对未来生活的影响，建议其咨询专业律师，了解具体的法律后果和应对策略。
- 同时，员工应积极改正错误，遵守法律法规，努力提升自己的社会形象和信用评级，以减轻案底带来的负面影响。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。