结论：行政机关在诉讼中没有机构代码证，并不影响其作为行政诉讼被告的资格；若涉及两个单位，需根据具体行政行为的作出主体和责任归属来确定被告。
一、行政机关作为行政诉讼被告的资格
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二条，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。这表明，行政机关作为行政行为的作出主体，是行政诉讼的潜在被告。
- 行政机关的被告资格并不依赖于其是否拥有机构代码证。机构代码证是行政机关的内部管理文件，用于标识和管理行政机关，但并非行政诉讼被告资格的必要条件。
实践操作：
- 在行政诉讼中，法院主要关注的是行政行为的合法性、合理性以及是否侵犯了公民、法人或其他组织的合法权益。只要行政机关作出了具体的行政行为，且该行为被诉至法院，行政机关就应当作为被告参与诉讼。
- 若行政机关在诉讼中未能提供机构代码证，这可能会影响其诉讼程序的便利性，如法院在送达法律文书、确认行政机关身份等方面可能会遇到一定困难。但这并不构成行政机关不能作为被告的理由。
二、涉及两个单位时的被告确定
共同作出行政行为的情形：
- 若两个行政机关共同作出了一个行政行为，且该行为被诉至法院，那么这两个行政机关应当作为共同被告参与诉讼。
- 在这种情况下，法院将审查两个行政机关共同作出的行政行为的合法性、合理性，并作出相应的判决。
一个行政机关委托另一个行政机关作出行政行为的情形：
- 若一个行政机关委托另一个行政机关作出行政行为，且该行为被诉至法院，那么委托的行政机关应当作为被告参与诉讼。
- 受委托的行政机关在诉讼中可能作为第三人参与，以提供相关证据或说明情况，但其本身并不承担被告的责任。
行政机关之间存在隶属关系或职责划分的情形：
- 若两个行政机关之间存在隶属关系或职责划分，且涉及行政行为的作出和责任归属问题，那么需要根据具体情况来确定被告。
- 一般来说，作出具体行政行为的行政机关应当作为被告。若该行政行为是上级行政机关指示或要求下级行政机关作出的，且上级行政机关在指示或要求中明确了责任归属，那么可能需要根据上级行政机关的指示或要求来确定被告。
三、建议
对于行政机关：
- 行政机关应当加强内部管理，确保在诉讼中能够及时提供必要的文件和证据，以维护自身的合法权益。
- 若涉及多个行政机关共同作出行政行为或存在委托关系等复杂情况，行政机关应当提前协商并明确责任归属，以避免在诉讼中出现推诿扯皮的情况。
对于公民、法人或其他组织：
- 若认为行政机关的行政行为侵犯了其合法权益，应当及时向法院提起诉讼，并明确指出被告的身份和具体行政行为的内容。
- 在诉讼过程中，应当积极提供证据和说明情况，以支持自己的诉讼请求。
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